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Gaussian频率计算：振动分析与热化学数据的提取方法

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在Gaussian的计算任务体系里，频率计算（freq）的地位特殊：它既是过渡态验证的必要手段，也是获取热化学数据（ZPE、焓、熵、……
2026-06-05 
蛋白配体分子动力学模拟：从对接结果到结合稳定性的验证

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“对接分数看起来不错，但结合到底稳不稳？”——这几乎是每个做分子对接项目的人都会遇到的追问。分子对接给出的是一……
2026-06-05 
量子化学模拟计算：方法选择与计算精度的平衡逻辑

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量子化学模拟计算的难点从来不在软件操作，而在于方法选择。一个新项目摆在面前，面对Hartree-Fock、DFT、MP2、CCSD(T)这一系……
2026-06-05 
小分子动力学模拟：溶剂效应与构象采样的计算策略

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小分子（分子量<500 Da）的MD模拟和生物大分子的MD相比，物理本质更纯粹但也更挑剔。小分子没有蛋白质折叠那样的层次架构来……
2026-06-04 
高斯分子动力学模拟：BOMD与CPMD方法的选择和能垒计算实践

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“高斯分子动力学”这个说法在计算化学圈子里一般指的是两种不同的东西。一种是用Gaussian软件做的Born-Oppenheimer……
2026-06-04 
扩散分子动力学模拟：从势函数选择到统计平均的完整方案

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扩散过程的分子动力学模拟不能只算一个扩散系数就收工。真正的分析层次需要向下追溯到原子尺度的扩散机制——是空位跳跃、间隙迁……
2026-06-04 
Gaussian单点能计算：基组选择与收敛判据的实战经验

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高斯做单点能是量子化学里最基础的活儿，但和任何基础活儿一样——做得对不难，做到真正”可信”就不是那么回事了。 ……
2026-06-04 
Gaussian计算：有机小分子激发态与吸收光谱的理论预测

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Gaussian计算：有机小分子激发态与吸收光谱的理论预测 实验上测一个吸收光谱，快的半小时就出来了。但用Gaussian算一个靠谱的……
2026-06-02 
GROMACS自由能计算方法对比：FEP自由能微扰与TI热力学积分的实战选择

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“这两个分子结合得有多紧？”任何做药物设计或者酶工程的项目，最终都要回答这个问题。实验上可以用ITC（等温滴定……
2026-05-27 
GROMACS膜蛋白模拟全流程：脂双层构建、嵌入平衡与跨膜通道分析

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水溶性蛋白的MD模拟是丢进溶剂盒子里加水加离子;膜蛋白完全不同——它必须嵌在脂双层中间，周围是疏水的脂质尾链，两端暴露在水……
2026-05-27 
GROMACS SMD拉伸动力学模拟指南：弹簧常数、拉速与力谱分析

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蛋白-配体复合物的结合自由能可以用FEP算，但结合/解离路径(它们是怎么分开的?要克服多大的力垒?)需要另一种工具。拉伸分子动……
2026-05-27 
GROMACS溶剂化自由能计算：水合能与logP预测的完整实战流程

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为什么有些候选药物分子口服后完全吸收不了?答案往往隐藏在溶剂化自由能里。进入细胞的前提是能从水中”逃逸”进疏……
2026-05-27 
GROMACS计算全流程：从体系构建到成品轨迹的实操经验

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GROMACS是分子动力学领域使用最广泛的开源软件之一。结合自己跑过的多个体系，聊聊GROMACS计算的完整流程、关键参数设置与常见……
2026-04-28 
GROMACS计算全流程：从体系构建到成品轨迹的实操经验
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