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GROMACS计算自由能：膜蛋白-配体FEP结合能中电荷-范德华解耦与BAR收敛

GROMACS计算自由能：膜蛋白-配体FEP结合能中电荷-范德华解耦与BAR收敛

一个GPCR-拮抗剂体系的结合自由能计算项目，初始FEP设置在20个等间距λ窗口上跑了每窗口2 ns，BAR给出的ΔG值是-8.3 ± 2.1 kcal/……
2026-06-23 
分子动力学模拟计算：GROMACS蛋白质-配体复合物稳定性验证全流程

分子动力学模拟计算：GROMACS蛋白质-配体复合物稳定性验证全流程

分子动力学模拟计算是对接结果的时间维度延伸——对接给出静态结合构象，MD在纳秒到微秒时间尺度上追踪体系演化，验证结合模式能……
2026-06-19 
GROMACS分子动力学模拟：一个离子液体体系中锂离子传输的机理研究

GROMACS分子动力学模拟：一个离子液体体系中锂离子传输的机理研究

离子液体作为新型电解质的潜力已经不需要再论证，但锂离子在离子液体中的传输行为比传统碳酸酯电解质复杂得多——高黏度、强配位……
2026-06-16 
全原子分子动力学模拟原理：从力场参数到轨迹分析的完整链条

全原子分子动力学模拟原理：从力场参数到轨迹分析的完整链条

全原子分子动力学模拟的原理，教科书上讲得清楚——牛顿第二定律逐帧积分，每个原子受力来自力场的解析表达式。但真正上手跑一个……
2026-06-15 
蛋白质-配体结合自由能的MM/PBSA计算中采样不足如何影响结果

蛋白质-配体结合自由能的MM/PBSA计算中采样不足如何影响结果

MM/PBSA在药物设计里用得非常多——把一个蛋白-配体复合物的MD轨迹拿出来，对每个帧算一次分子力学能+溶剂化自由能，取平均，复……
2026-06-09 
聚合物玻璃化转变温度的分子动力学模拟——Tg计算中五个容易忽略的收敛问题

聚合物玻璃化转变温度的分子动力学模拟——Tg计算中五个容易忽略的收敛问题

聚合物Tg的MD模拟逻辑上很直接：在不同温度下跑NPT平衡，把比体积对温度做图，两条直线的交点就是Tg。这个逻辑本身没毛病，但……
2026-06-09 
高斯Anharmonic计算：为什么谐振近似会误导你

高斯Anharmonic计算：为什么谐振近似会误导你

做振动光谱计算的人，大多在某个阶段被谐振近似的结果搞失望过。算出来的红外频率，和实验值稳定地差5-10%，氢能键体系甚至能……
2026-06-08 
Gaussian频率计算：振动分析与热化学数据的提取方法

Gaussian频率计算：振动分析与热化学数据的提取方法

在Gaussian的计算任务体系里，频率计算（freq）的地位特殊：它既是过渡态验证的必要手段，也是获取热化学数据（ZPE、焓、熵、……
2026-06-05 
蛋白配体分子动力学模拟：从对接结果到结合稳定性的验证

蛋白配体分子动力学模拟：从对接结果到结合稳定性的验证

“对接分数看起来不错，但结合到底稳不稳？”——这几乎是每个做分子对接项目的人都会遇到的追问。分子对接给出的是一……
2026-06-05 
量子化学模拟计算：方法选择与计算精度的平衡逻辑

量子化学模拟计算：方法选择与计算精度的平衡逻辑

量子化学模拟计算的难点从来不在软件操作，而在于方法选择。一个新项目摆在面前，面对Hartree-Fock、DFT、MP2、CCSD(T)这一系……
2026-06-05 
小分子动力学模拟：溶剂效应与构象采样的计算策略

小分子动力学模拟：溶剂效应与构象采样的计算策略

小分子（分子量<500 Da）的MD模拟和生物大分子的MD相比，物理本质更纯粹但也更挑剔。小分子没有蛋白质折叠那样的层次架构来……
2026-06-04 
高斯分子动力学模拟：BOMD与CPMD方法的选择和能垒计算实践

高斯分子动力学模拟：BOMD与CPMD方法的选择和能垒计算实践

“高斯分子动力学”这个说法在计算化学圈子里一般指的是两种不同的东西。一种是用Gaussian软件做的Born-Oppenheimer……
2026-06-04 
扩散分子动力学模拟：从势函数选择到统计平均的完整方案

扩散分子动力学模拟：从势函数选择到统计平均的完整方案

扩散过程的分子动力学模拟不能只算一个扩散系数就收工。真正的分析层次需要向下追溯到原子尺度的扩散机制——是空位跳跃、间隙迁……
2026-06-04 
Gaussian单点能计算：基组选择与收敛判据的实战经验

Gaussian单点能计算：基组选择与收敛判据的实战经验

高斯做单点能是量子化学里最基础的活儿，但和任何基础活儿一样——做得对不难，做到真正”可信”就不是那么回事了。 ……
2026-06-04 
Gaussian计算：有机小分子激发态与吸收光谱的理论预测

Gaussian计算：有机小分子激发态与吸收光谱的理论预测

Gaussian计算：有机小分子激发态与吸收光谱的理论预测 实验上测一个吸收光谱，快的半小时就出来了。但用Gaussian算一个靠谱的……
2026-06-02 
GROMACS自由能计算方法对比：FEP自由能微扰与TI热力学积分的实战选择

GROMACS自由能计算方法对比：FEP自由能微扰与TI热力学积分的实战选择

“这两个分子结合得有多紧？”任何做药物设计或者酶工程的项目，最终都要回答这个问题。实验上可以用ITC（等温滴定……
2026-05-27 
GROMACS膜蛋白模拟全流程：脂双层构建、嵌入平衡与跨膜通道分析

GROMACS膜蛋白模拟全流程：脂双层构建、嵌入平衡与跨膜通道分析

水溶性蛋白的MD模拟是丢进溶剂盒子里加水加离子;膜蛋白完全不同——它必须嵌在脂双层中间，周围是疏水的脂质尾链，两端暴露在水……
2026-05-27 
GROMACS SMD拉伸动力学模拟指南：弹簧常数、拉速与力谱分析

GROMACS SMD拉伸动力学模拟指南：弹簧常数、拉速与力谱分析

蛋白-配体复合物的结合自由能可以用FEP算，但结合/解离路径(它们是怎么分开的?要克服多大的力垒?)需要另一种工具。拉伸分子动……
2026-05-27 
GROMACS溶剂化自由能计算：水合能与logP预测的完整实战流程

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为什么有些候选药物分子口服后完全吸收不了?答案往往隐藏在溶剂化自由能里。进入细胞的前提是能从水中”逃逸”进疏……
2026-05-27 
GROMACS计算全流程：从体系构建到成品轨迹的实操经验

GROMACS计算全流程：从体系构建到成品轨迹的实操经验

GROMACS是分子动力学领域使用最广泛的开源软件之一。结合自己跑过的多个体系，聊聊GROMACS计算的完整流程、关键参数设置与常见……
2026-04-28 
GROMACS计算全流程：从体系构建到成品轨迹的实操经验
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