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热门搜索： 模拟计算，理论计算
gromacs计算 lammps计算 VASP计算 分子对接 分子自组装
分子动力学模拟计算：GROMACS蛋白质-配体复合物稳定性验证全流程

分子动力学模拟计算：GROMACS蛋白质-配体复合物稳定性验证全流程

分子动力学模拟计算是对接结果的时间维度延伸——对接给出静态结合构象，MD在纳秒到微秒时间尺度上追踪体系演化，验证结合模式能……
2026-06-19
GROMACS分子动力学模拟：一个离子液体体系中锂离子传输的机理研究

GROMACS分子动力学模拟：一个离子液体体系中锂离子传输的机理研究

离子液体作为新型电解质的潜力已经不需要再论证，但锂离子在离子液体中的传输行为比传统碳酸酯电解质复杂得多——高黏度、强配位……
2026-06-16
全原子分子动力学模拟原理：从力场参数到轨迹分析的完整链条

全原子分子动力学模拟原理：从力场参数到轨迹分析的完整链条

全原子分子动力学模拟的原理，教科书上讲得清楚——牛顿第二定律逐帧积分，每个原子受力来自力场的解析表达式。但真正上手跑一个……
2026-06-15
蛋白质-配体结合自由能的MM/PBSA计算中采样不足如何影响结果

蛋白质-配体结合自由能的MM/PBSA计算中采样不足如何影响结果

MM/PBSA在药物设计里用得非常多——把一个蛋白-配体复合物的MD轨迹拿出来，对每个帧算一次分子力学能+溶剂化自由能，取平均，复……
2026-06-09
聚合物玻璃化转变温度的分子动力学模拟——Tg计算中五个容易忽略的收敛问题

聚合物玻璃化转变温度的分子动力学模拟——Tg计算中五个容易忽略的收敛问题

聚合物Tg的MD模拟逻辑上很直接：在不同温度下跑NPT平衡，把比体积对温度做图，两条直线的交点就是Tg。这个逻辑本身没毛病，但……
2026-06-09
高斯Anharmonic计算：为什么谐振近似会误导你

高斯Anharmonic计算：为什么谐振近似会误导你

做振动光谱计算的人，大多在某个阶段被谐振近似的结果搞失望过。算出来的红外频率，和实验值稳定地差5-10%，氢能键体系甚至能……
2026-06-08
Gaussian频率计算：振动分析与热化学数据的提取方法

Gaussian频率计算：振动分析与热化学数据的提取方法

在Gaussian的计算任务体系里，频率计算（freq）的地位特殊：它既是过渡态验证的必要手段，也是获取热化学数据（ZPE、焓、熵、……
2026-06-05
蛋白配体分子动力学模拟：从对接结果到结合稳定性的验证

蛋白配体分子动力学模拟：从对接结果到结合稳定性的验证

“对接分数看起来不错，但结合到底稳不稳？”——这几乎是每个做分子对接项目的人都会遇到的追问。分子对接给出的是一……
2026-06-05
量子化学模拟计算：方法选择与计算精度的平衡逻辑

量子化学模拟计算：方法选择与计算精度的平衡逻辑

量子化学模拟计算的难点从来不在软件操作，而在于方法选择。一个新项目摆在面前，面对Hartree-Fock、DFT、MP2、CCSD(T)这一系……
2026-06-05
小分子动力学模拟：溶剂效应与构象采样的计算策略

小分子动力学模拟：溶剂效应与构象采样的计算策略

小分子（分子量<500 Da）的MD模拟和生物大分子的MD相比，物理本质更纯粹但也更挑剔。小分子没有蛋白质折叠那样的层次架构来……
2026-06-04
高斯分子动力学模拟：BOMD与CPMD方法的选择和能垒计算实践

高斯分子动力学模拟：BOMD与CPMD方法的选择和能垒计算实践

“高斯分子动力学”这个说法在计算化学圈子里一般指的是两种不同的东西。一种是用Gaussian软件做的Born-Oppenheimer……
2026-06-04
扩散分子动力学模拟：从势函数选择到统计平均的完整方案

扩散分子动力学模拟：从势函数选择到统计平均的完整方案

扩散过程的分子动力学模拟不能只算一个扩散系数就收工。真正的分析层次需要向下追溯到原子尺度的扩散机制——是空位跳跃、间隙迁……
2026-06-04
Gaussian单点能计算：基组选择与收敛判据的实战经验

Gaussian单点能计算：基组选择与收敛判据的实战经验

高斯做单点能是量子化学里最基础的活儿，但和任何基础活儿一样——做得对不难，做到真正”可信”就不是那么回事了。 ……
2026-06-04
Gaussian计算：有机小分子激发态与吸收光谱的理论预测

Gaussian计算：有机小分子激发态与吸收光谱的理论预测

Gaussian计算：有机小分子激发态与吸收光谱的理论预测 实验上测一个吸收光谱，快的半小时就出来了。但用Gaussian算一个靠谱的……
2026-06-02
GROMACS自由能计算方法对比：FEP自由能微扰与TI热力学积分的实战选择

GROMACS自由能计算方法对比：FEP自由能微扰与TI热力学积分的实战选择

“这两个分子结合得有多紧？”任何做药物设计或者酶工程的项目，最终都要回答这个问题。实验上可以用ITC（等温滴定……
2026-05-27
GROMACS膜蛋白模拟全流程：脂双层构建、嵌入平衡与跨膜通道分析

GROMACS膜蛋白模拟全流程：脂双层构建、嵌入平衡与跨膜通道分析

水溶性蛋白的MD模拟是丢进溶剂盒子里加水加离子;膜蛋白完全不同——它必须嵌在脂双层中间，周围是疏水的脂质尾链，两端暴露在水……
2026-05-27
GROMACS SMD拉伸动力学模拟指南：弹簧常数、拉速与力谱分析

GROMACS SMD拉伸动力学模拟指南：弹簧常数、拉速与力谱分析

蛋白-配体复合物的结合自由能可以用FEP算，但结合/解离路径(它们是怎么分开的?要克服多大的力垒?)需要另一种工具。拉伸分子动……
2026-05-27
GROMACS溶剂化自由能计算：水合能与logP预测的完整实战流程

GROMACS溶剂化自由能计算：水合能与logP预测的完整实战流程

为什么有些候选药物分子口服后完全吸收不了?答案往往隐藏在溶剂化自由能里。进入细胞的前提是能从水中”逃逸”进疏……
2026-05-27
GROMACS计算全流程：从体系构建到成品轨迹的实操经验

GROMACS计算全流程：从体系构建到成品轨迹的实操经验

GROMACS是分子动力学领域使用最广泛的开源软件之一。结合自己跑过的多个体系，聊聊GROMACS计算的完整流程、关键参数设置与常见……
2026-04-28
蛋白定点突变预测在热稳定性改造中的计算策略：从RosettaΔΔG到AlphaFold2多突变扫描

蛋白定点突变预测在热稳定性改造中的计算策略：从RosettaΔΔG到AlphaFold2多突变扫描

植酸酶是饲料工业中用量最大的酶制剂之一。它在动物消化道中水解植酸，释放出磷元素，减少磷排放。但这个酶的魔咒是热稳定性：……
2026-06-19
分子动力学模拟RMSD：从轨迹对齐到分段分析的蛋白构象稳定性判断方法

分子动力学模拟RMSD：从轨迹对齐到分段分析的蛋白构象稳定性判断方法

分子动力学模拟RMSD是每个做MD的人拿到轨迹后第一个跑的指标——Cα原子的均方根偏差告诉你蛋白是否稳定了、有没有大规模构象变化……
2026-06-18
LAMMPS计算径向分布函数：参数设置与物理含义的深度剖析

LAMMPS计算径向分布函数：参数设置与物理含义的深度剖析

LAMMPS计算径向分布函数是分子动力学后处理中最基础也最常用的分析手段——无论是判断体系是否达到平衡态、识别晶体与液体的结构……
2026-06-17
LAMMPS粗粒化建模：从全原子映射到CG力场参数拟合的实战路径

LAMMPS粗粒化建模：从全原子映射到CG力场参数拟合的实战路径

LAMMPS粗粒化建模的起点不是打开LAMMPS写input script，而是回答一个前置问题：把哪些原子打包成一个bead？这个映射决策决定了……
2026-06-17
高分子动力学模拟：链长、温度和缠结——三个变量交织成Tg和扩散系数的十度偏差

高分子动力学模拟：链长、温度和缠结——三个变量交织成Tg和扩散系数的十度偏差

高分子的动力学是一个时间尺度的阶梯——键振动（飞秒级）→侧基旋转（皮秒级）→链段运动（纳秒级）→整链扩散（微秒到毫秒级）→解……
2026-06-11
LAMMPS计算结合能：聚合物-纳米填料界面的结合能，从拔出模拟到PMF，力场精度决定你拉出来的是多少

LAMMPS计算结合能：聚合物-纳米填料界面的结合能，从拔出模拟到PMF，力场精度决定你拉出来的是多少

LAMMPS计算结合能——尤其是聚合物-纳米填料界面的结合能——定义上很清楚：把一个纳米填料从聚合物基体中拉出来所需的功除以界面……
2026-06-11
LAMMPS粗粒化建模：把几万个原子缩减到几百个珠子，精度不是白送的

LAMMPS粗粒化建模：把几万个原子缩减到几百个珠子，精度不是白送的

粗粒化（CG）的本质是一笔交易——用化学细节换时空尺度。把苯乙烯单体的16个原子映射成2个CG珠子，体系的总粒子数从12万降到1.5……
2026-06-11
材料拉伸模拟计算：从弹性段到颈缩失稳，有限元不是把曲线跑出来就算完

材料拉伸模拟计算：从弹性段到颈缩失稳，有限元不是把曲线跑出来就算完

一个做铝合金板材的团队把Abaqus拉伸模拟的应力-应变曲线发过来，说仿真出来的抗拉强度比实验高了将近12%，问问题出在哪。单看……
2026-06-11
纳米流体在受限空间中的输运行为模拟——从体相到纳米通道，水的扩散系数怎么变了

纳米流体在受限空间中的输运行为模拟——从体相到纳米通道，水的扩散系数怎么变了

体相水在300K下的自扩散系数是2.30×10⁻⁹ m²/s（实验值，NMR脉冲梯度场测量）。把这个数字套用到2nm直径的碳纳米管（CNT）内的……
2026-06-09
核酸结构的分子动力学模拟：从双螺旋到配体结合的动态路径

核酸结构的分子动力学模拟：从双螺旋到配体结合的动态路径

做核酸分子动力学模拟的人，第一次建体系的时候大概率会被离子中和这一步卡住。DNA在溶液里浑身带负电，磷酸骨架每两个核苷酸……
2026-06-08
石墨烯力学性能的分子动力学模拟：周期性边界与自由边界对断裂行为的系统性影响

石墨烯力学性能的分子动力学模拟：周期性边界与自由边界对断裂行为的系统性影响

石墨烯的力学传奇从2008年Lee等人用纳米压痕实验测出约130GPa的断裂强度开始，分子动力学模拟界就陷入了一场持续至今的方法论……
2026-06-06
溶液环境中蛋白质构象变化的分子动力学模拟：显式溶剂与隐式溶剂模型在构象采样中的权衡

溶液环境中蛋白质构象变化的分子动力学模拟：显式溶剂与隐式溶剂模型在构象采样中的权衡

溶液环境中蛋白质的构象变化是理解酶催化、蛋白质折叠和药物结合的核心问题。分子动力学模拟在这个问题上面临一个根本性的计算……
2026-06-06
纳米压痕分子动力学模拟中势函数的选择：EAM与MEAM对位错形核与力学响应的差异化影响

纳米压痕分子动力学模拟中势函数的选择：EAM与MEAM对位错形核与力学响应的差异化影响

纳米压痕模拟的原子尺度精度高度依赖于势函数对缺陷能量的描述能力。势函数选择在弹性变形阶段似乎无关紧要，但当位错形核成为……
2026-06-06
界面热阻的分子动力学计算：NEMD建模策略与Green-Kubo积分的数据处理对比

界面热阻的分子动力学计算：NEMD建模策略与Green-Kubo积分的数据处理对比

界面热阻的分子动力学计算是现代微纳热管理器件设计中的核心问题。Si/Ge界面作为典型的异质半导体界面，其热输运性质的准确预……
2026-06-06
高分子玻璃化转变温度的分子动力学模拟：比体积法、MSD法与能量法的对比选择

高分子玻璃化转变温度的分子动力学模拟：比体积法、MSD法与能量法的对比选择

聚甲基丙烯酸甲酯（PMMA）在320K附近出现了一段令人不安的温度平台——升温曲线上那长达50K的比体积平坦区，让OPLS-AA、PCFF和CO……
2026-06-06
LAMMPS分子动力学模拟：从力场选择到结果解读的完整流程

LAMMPS分子动力学模拟：从力场选择到结果解读的完整流程

LAMMPS分子动力学模拟在材料科学和生物物理领域的应用越来越广，但”跑通”和”跑对”之间的距离，往往比……
2026-06-05
LAMMPS计算扩散系数：MSD方法与Einstein关系的操作细节

LAMMPS计算扩散系数：MSD方法与Einstein关系的操作细节

LAMMPS做扩散系数看起来公式很简单——Einstein关系把均方位移（MSD）线性段的斜率除以6（三维体系）就直接得出扩散系数。但实际……
2026-06-04
MS做分子动力学模拟：Materials Studio的Forcite模块参数设置与结果分析

MS做分子动力学模拟：Materials Studio的Forcite模块参数设置与结果分析

MS做分子动力学模拟：Materials Studio的Forcite模块参数设置与结果分析 MS做分子动力学模拟，门槛比GROMACS/LAMMPS低得多——点……
2026-06-01
动力学模拟计算：从Ab Initio MD到经典MD的方法选择与误差控制

动力学模拟计算：从Ab Initio MD到经典MD的方法选择与误差控制

动力学模拟计算：从Ab Initio MD到经典MD的方法选择与误差控制 动力学模拟计算的核心矛盾，在于你想要的化学精度和你能付得起……
2026-06-01
MD分子动力学计算模拟：从力场选择到平衡判据的完整工作流

MD分子动力学计算模拟：从力场选择到平衡判据的完整工作流

MD分子动力学计算模拟：从力场选择到平衡判据的完整工作流 MD分子动力学计算模拟，入门门槛看着不高——网上教程一搜一大把，几……
2026-06-01
分子动力模拟解析蛋白质在水-有机溶剂界面的结构失稳全过程

分子动力模拟解析蛋白质在水-有机溶剂界面的结构失稳全过程

在生物催化的工业应用里，脂肪酶是一类被充分研究的酶。它有一个标志性的结构特征——活性位点上方覆盖着一个两亲性的α-螺旋R……
2026-06-19
VASP可以计算分子能量吗：气相分子DFT的周期边界修正与Gaussian交叉验证

VASP可以计算分子能量吗：气相分子DFT的周期边界修正与Gaussian交叉验证

VASP可以计算分子能量吗——这个问题在VASP用户群里反复出现，原因很简单：VASP是为周期性固体设计的平面波程序，用它算孤立分子……
2026-06-18
分子动力学模拟对接：MD精修配体构象与对接打分互补的筛选策略

分子动力学模拟对接：MD精修配体构象与对接打分互补的筛选策略

分子动力学模拟对接——这个名字本身就在说两件事：先用对接做快速虚拟筛选，再用MD做构象精修和稳定性评判。单独做对接的高分分……
2026-06-18
全原子分子动力学模拟原理：力场选择、时间步长与系综耦合的物理账本

全原子分子动力学模拟原理：力场选择、时间步长与系综耦合的物理账本

全原子分子动力学模拟原理——把牛顿运动方程用飞秒级步长做数值积分，通过统计力学连接微观轨迹和宏观可观测量——这套理论框架本……
2026-06-18
分子结构预测：从DFT全局优化到ML辅助搜索的实战复盘

分子结构预测：从DFT全局优化到ML辅助搜索的实战复盘

分子结构预测是所有计算化学工作的地基——没有可靠的分子构型，后续的电子结构、光谱、动力学性质计算全都建立在不确定的基础之……
2026-06-17
VASP分子动力学模拟：一个高温下MgO熔体结构的AIMD分析

VASP分子动力学模拟：一个高温下MgO熔体结构的AIMD分析

提到分子动力学模拟，很多人首先想到的是GROMACS、LAMMPS这些基于经验势的经典MD软件。但在某些体系中，经验势的局限性会成为……
2026-06-16
siRNA序列高通量筛选：从靶标mRNA到有效siRNA序列的计算设计流程

siRNA序列高通量筛选：从靶标mRNA到有效siRNA序列的计算设计流程

siRNA（小干扰RNA）的作用机制是RNA干扰——21-23个核苷酸的双链RNA引导RISC复合体到靶标mRNA上，通过序列互补配对实现mRNA的降……
2026-06-15
污染扩散模拟计算：一个化工园区大气扩散项目的完整复盘

污染扩散模拟计算：一个化工园区大气扩散项目的完整复盘

污染扩散模拟计算这个方向，说起来原理不复杂——本质上是求解对流扩散方程。但真正落到一个具体项目上，从气象数据处理到模型标……
2026-06-15
VASP计算中的磁性材料模拟：从自旋极化到磁相变

VASP计算中的磁性材料模拟：从自旋极化到磁相变

磁性材料在信息存储、自旋电子学、量子计算等领域具有重要应用。密度泛函理论（DFT）计算，特别是使用VASP软件，为磁性材料的……
2026-06-14
VASP计算在电池材料研究中的深度应用

VASP计算在电池材料研究中的深度应用

锂离子电池、钠离子电池、固态电池等储能技术的快速发展，对电极材料和电解质的设计提出了更高要求。基于密度泛函理论（DFT）……
2026-06-14
表面科学模拟从清理表面到反应机理

表面科学模拟从清理表面到反应机理

在异相催化、电池材料、腐蚀科学等领域，表面过程起着决定性作用。VASP（Vienna Ab initio Simulation Package）作为最流行的……
2026-06-14
VASP计算磁各向异性：自旋轨道耦合、磁矩取向和k点的三角关系——SOC开关不是越早开越好

VASP计算磁各向异性：自旋轨道耦合、磁矩取向和k点的三角关系——SOC开关不是越早开越好

VASP计算磁各向异性（MAE）是DFT计算中最精细的量之一。总能计算的精度要求是~1 meV/atom——做得到。但MAE是面内磁化和面外磁化……
2026-06-11
多肽的分子动力学模拟：在溶剂、离子和膜环境中跑一条多肽链，水盒子里的每一颗钠离子都在改变构象分布

多肽的分子动力学模拟：在溶剂、离子和膜环境中跑一条多肽链，水盒子里的每一颗钠离子都在改变构象分布

多肽分子动力学模拟是MD中最方便也最危险的一类体系。方便——一条20-40残基的肽链，加上水和离子，总共也就3-5万个原子，跑200n……
2026-06-11
金属原子间键能计算：从结合能到解离能的路径选择

金属原子间键能计算：从结合能到解离能的路径选择

做合金设计的人，大概率在什么时候该用结合能、什么时候该用解离能这个问题上混淆过。两个量物理意义不一样，适用场景也不一样……
2026-06-08
吸附能计算中的范德华修正方案选择：DFT-D3、DFT-D3(BJ)与TS的定量对比

吸附能计算中的范德华修正方案选择：DFT-D3、DFT-D3(BJ)与TS的定量对比

吸附能计算在表面催化研究中是家常便饭，但标准广义梯度近似（GGA）天生对范德华（vdW）作用的盲区，让一大批分子的吸附能计算……
2026-06-06
VASP能带计算中的k点收敛性测试：从粗网格到精确结果的路径

VASP能带计算中的k点收敛性测试：从粗网格到精确结果的路径

VASP能带计算的精度，往往在k点密度这一步就决定了上限。一个看似合理的能带结构图背后，可能隐藏着k点采样不足带来的系统性偏……
2026-06-06
VASP功函数怎么计算：静电势方法与参数设置详解

VASP功函数怎么计算：静电势方法与参数设置详解

VASP功函数计算是表面科学和催化研究中的基础任务之一，但这个”基础”并不意味着简单。功函数的物理定义是将一个电……
2026-06-05
VASP分子动力学模拟：AIMD计算的设置逻辑与注意事项

VASP分子动力学模拟：AIMD计算的设置逻辑与注意事项

在VASP的众多功能里，分子动力学模拟（AIMD）是计算成本最高也最容易出问题的那一类。与经典MD不同，VASP每个时间步都要完成一……
2026-06-05
VASP计算分子能量：从孤立分子建模到BSSE校正的全流程

VASP计算分子能量：从孤立分子建模到BSSE校正的全流程

用VASP算分子能量这件事，入门门槛比周期性体系低很多——不需要切表面、选slab模型、调控真空层。但也正因为”简单”……
2026-06-04
HSE06杂化泛函能带计算优化：精度提升与计算成本平衡策略

HSE06杂化泛函能带计算优化：精度提升与计算成本平衡策略

PBE算出的带隙偏小是行业共识。Si的实验带隙1.17 eV，PBE给出约0.55 eV——差了超过一倍。这不是某个体系的偶然，而是半局域交换……
2026-05-27
多对多分子对接：批量药物筛选的策略与陷阱

多对多分子对接：批量药物筛选的策略与陷阱

多对多分子对接不是把单靶点对接重复N次然后拼在一起。当一组化合物需要同时面对一组靶点蛋白时，流程设计的每个细节——从靶点……
2026-06-19
分子相互作用预测：从静电势图到结合自由能的多层级筛选方法

分子相互作用预测：从静电势图到结合自由能的多层级筛选方法

分子相互作用预测的终极问题是：两个分子会不会结合、怎么结合、结合多强。这个问题在药物设计中对应”配体能否识别靶点&……
2026-06-18
分子对接结合能：Vina Score到MM/PBSA的精度跃迁与能量拆解的本质差异

分子对接结合能：Vina Score到MM/PBSA的精度跃迁与能量拆解的本质差异

分子对接结合能——做完对接后输出的那个数字——你以为它是”结合能”，实际上它连结合能的物理单位（kcal/mol）对应的……
2026-06-18
同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程

同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程

同源建模和分子对接的结合——先用序列相似性构建三维蛋白模型，再用分子对接预测配体结合模式——在结构生物学里是处理无晶体结构……
2026-06-18
生物分子对接：蛋白-蛋白与蛋白-DNA对接的方法抉择与柔性处理

生物分子对接：蛋白-蛋白与蛋白-DNA对接的方法抉择与柔性处理

生物分子对接和小分子对接听起来是同一件事，但实际操作的技术路线截然不同。小分子对接搜索的是一个小体积口袋内的配体嵌入构……
2026-06-17
分子对接怎么做：从蛋白准备到评分验证的完整链条与实操陷阱

分子对接怎么做：从蛋白准备到评分验证的完整链条与实操陷阱

分子对接怎么做这个问题，在药物设计圈子里几乎每个入门者都会搜。教程遍地都是，工具随手可用——AutoDock Vina免费开源，几行……
2026-06-17
蛋白质分子动力学模拟：一个酶-底物复合物的结合稳定性分析

蛋白质分子动力学模拟：一个酶-底物复合物的结合稳定性分析

蛋白质结构的静态图片告诉你的只是”可能长什么样”，但真正决定功能的是动态过程——蛋白如何柔性运动、底物如何进入……
2026-06-16
分子相互作用预测：非共价相互力的计算方法与适用边界

分子相互作用预测：非共价相互力的计算方法与适用边界

分子相互作用预测涉及的非共价力类型很多——氢键、疏水相互作用、静电相互作用、范德华力、阳离子-π相互作用、卤键——每一种力的……
2026-06-15
蛋白药物小分子对接服务：从靶点选择到先导化合物优化的计算辅助流程

蛋白药物小分子对接服务：从靶点选择到先导化合物优化的计算辅助流程

蛋白药物小分子对接服务的价值定位很清晰：在实验合成和活性测试之前，用计算手段筛选数以万计的化合物，把候选范围缩小到百级……
2026-06-15
分子对接结合能角度预测：如何准确预测配体的结合取向

分子对接结合能角度预测：如何准确预测配体的结合取向

分子对接结合能角度预测比单纯的结合能打分更难——打分只需要给出一个数字，角度预测需要确定配体在结合口袋中的空间取向。同一……
2026-06-15
分子对接预测：从AutoDock到精准结合模式判断的实践之路

分子对接预测：从AutoDock到精准结合模式判断的实践之路

分子对接预测的核心目标很简单——在受体结合口袋里找到配体的最优结合构象，然后给出一个打分来评估结合强度。听起来像是一个&#……
2026-06-15
点突变预测蛋白互作——从结构到能量的计算策略

点突变预测蛋白互作——从结构到能量的计算策略

点突变预测蛋白互作，问题形式很简单：一个蛋白-蛋白复合物，给定某个点突变（比如p53的R175H），这个突变对复合物结合亲和力……
2026-06-13
分子动力学模拟在蛋白-配体对接中的应用——从静态对接到动态结合

分子动力学模拟在蛋白-配体对接中的应用——从静态对接到动态结合

分子动力学模拟对接——把MD模拟和对接结合起来——解决的是传统刚性对接的一个根本缺陷：蛋白在配体结合过程中会调整构象，这个&#……
2026-06-13
分子对接预测在药物虚拟筛选中的精度控制与验证策略

分子对接预测在药物虚拟筛选中的精度控制与验证策略

分子对接预测在药物发现管线里的位置，通常是高通量虚拟筛选的第一步。一个典型的项目流程是：从百万级化合物库出发，用对接打……
2026-06-13
分子对接动力学模拟：静态对接只看锁和钥匙，动力学模拟才看插进去之后会不会晃

分子对接动力学模拟：静态对接只看锁和钥匙，动力学模拟才看插进去之后会不会晃

对接软件给你一个打分，说这个分子对靶点的亲和力是-9.2 kcal/mol。打分漂亮、氢键数够、π-π堆积齐全——放到评审PPT里完全拿得……
2026-06-11
分子对接和分子模拟：从AutoDock Vina到MD验证的完整工作流

分子对接和分子模拟：从AutoDock Vina到MD验证的完整工作流

分子对接和分子模拟：从AutoDock Vina到MD验证的完整工作流 分子对接和分子模拟，在药物设计工作流里是两个阶段——对接负责快速……
2026-06-01
生物分子结构预测：从序列到三维构象的计算之路

生物分子结构预测：从序列到三维构象的计算之路

拿到一条全新的蛋白序列，想知道它的三维结构——这在十几年前意味着至少半年的实验周期，结晶、衍射、解析，每一步都可能卡住。……
2026-05-26
分子对接的结合能：评分函数精度、构象采样与MM/PBSA后处理的完整评估

分子对接的结合能：评分函数精度、构象采样与MM/PBSA后处理的完整评估

分子对接的结合能是整个计算机辅助药物设计(CADD)流程中最容易被误用的数值。对接软件输出一个结合能数值——AutoDock Vina给出……
2026-05-26
分子对接自由能计算

分子对接自由能计算

分子对接做了这么多年，最大的感受是：结合自由能不是算出来的，是选出来的。同样的体系，用不同的对接软件、不同的评分函数、……
2026-05-20
蛋白药物小分子对接：结合姿态与亲和力评估的完整链条

蛋白药物小分子对接：结合姿态与亲和力评估的完整链条

蛋白药物小分子对接是计算机辅助药物设计里最成熟的标准流程之一，工具多、教程多、论文里用得更多。但正因为太成熟，很多人对……
2026-04-28
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2026-06-17
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2026-06-16
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2026-06-16
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2026-06-13
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2026-04-28
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