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分子动力模拟解析蛋白质在水-有机溶剂界面的结构失稳全过程

分子动力模拟解析蛋白质在水-有机溶剂界面的结构失稳全过程

在生物催化的工业应用里，脂肪酶是一类被充分研究的酶。它有一个标志性的结构特征——活性位点上方覆盖着一个两亲性的α-螺旋R……
2026-06-19 
VASP可以计算分子能量吗：气相分子DFT的周期边界修正与Gaussian交叉验证

VASP可以计算分子能量吗：气相分子DFT的周期边界修正与Gaussian交叉验证

VASP可以计算分子能量吗——这个问题在VASP用户群里反复出现，原因很简单：VASP是为周期性固体设计的平面波程序，用它算孤立分子……
2026-06-18 
分子动力学模拟对接：MD精修配体构象与对接打分互补的筛选策略

分子动力学模拟对接：MD精修配体构象与对接打分互补的筛选策略

分子动力学模拟对接——这个名字本身就在说两件事：先用对接做快速虚拟筛选，再用MD做构象精修和稳定性评判。单独做对接的高分分……
2026-06-18 
全原子分子动力学模拟原理：力场选择、时间步长与系综耦合的物理账本

全原子分子动力学模拟原理：力场选择、时间步长与系综耦合的物理账本

全原子分子动力学模拟原理——把牛顿运动方程用飞秒级步长做数值积分，通过统计力学连接微观轨迹和宏观可观测量——这套理论框架本……
2026-06-18 
分子结构预测：从DFT全局优化到ML辅助搜索的实战复盘

分子结构预测：从DFT全局优化到ML辅助搜索的实战复盘

分子结构预测是所有计算化学工作的地基——没有可靠的分子构型，后续的电子结构、光谱、动力学性质计算全都建立在不确定的基础之……
2026-06-17 
VASP分子动力学模拟：一个高温下MgO熔体结构的AIMD分析

VASP分子动力学模拟：一个高温下MgO熔体结构的AIMD分析

提到分子动力学模拟，很多人首先想到的是GROMACS、LAMMPS这些基于经验势的经典MD软件。但在某些体系中，经验势的局限性会成为……
2026-06-16 
siRNA序列高通量筛选：从靶标mRNA到有效siRNA序列的计算设计流程

siRNA序列高通量筛选：从靶标mRNA到有效siRNA序列的计算设计流程

siRNA（小干扰RNA）的作用机制是RNA干扰——21-23个核苷酸的双链RNA引导RISC复合体到靶标mRNA上，通过序列互补配对实现mRNA的降……
2026-06-15 
污染扩散模拟计算：一个化工园区大气扩散项目的完整复盘

污染扩散模拟计算：一个化工园区大气扩散项目的完整复盘

污染扩散模拟计算这个方向，说起来原理不复杂——本质上是求解对流扩散方程。但真正落到一个具体项目上，从气象数据处理到模型标……
2026-06-15 
VASP计算中的磁性材料模拟：从自旋极化到磁相变

VASP计算中的磁性材料模拟：从自旋极化到磁相变

磁性材料在信息存储、自旋电子学、量子计算等领域具有重要应用。密度泛函理论（DFT）计算，特别是使用VASP软件，为磁性材料的……
2026-06-14 
VASP计算在电池材料研究中的深度应用

VASP计算在电池材料研究中的深度应用

锂离子电池、钠离子电池、固态电池等储能技术的快速发展，对电极材料和电解质的设计提出了更高要求。基于密度泛函理论（DFT）……
2026-06-14 
表面科学模拟从清理表面到反应机理

表面科学模拟从清理表面到反应机理

在异相催化、电池材料、腐蚀科学等领域，表面过程起着决定性作用。VASP（Vienna Ab initio Simulation Package）作为最流行的……
2026-06-14 
VASP计算磁各向异性：自旋轨道耦合、磁矩取向和k点的三角关系——SOC开关不是越早开越好

VASP计算磁各向异性：自旋轨道耦合、磁矩取向和k点的三角关系——SOC开关不是越早开越好

VASP计算磁各向异性（MAE）是DFT计算中最精细的量之一。总能计算的精度要求是~1 meV/atom——做得到。但MAE是面内磁化和面外磁化……
2026-06-11 
多肽的分子动力学模拟：在溶剂、离子和膜环境中跑一条多肽链，水盒子里的每一颗钠离子都在改变构象分布

多肽的分子动力学模拟：在溶剂、离子和膜环境中跑一条多肽链，水盒子里的每一颗钠离子都在改变构象分布

多肽分子动力学模拟是MD中最方便也最危险的一类体系。方便——一条20-40残基的肽链，加上水和离子，总共也就3-5万个原子，跑200n……
2026-06-11 
金属原子间键能计算：从结合能到解离能的路径选择

金属原子间键能计算：从结合能到解离能的路径选择

做合金设计的人，大概率在什么时候该用结合能、什么时候该用解离能这个问题上混淆过。两个量物理意义不一样，适用场景也不一样……
2026-06-08 
吸附能计算中的范德华修正方案选择：DFT-D3、DFT-D3(BJ)与TS的定量对比

吸附能计算中的范德华修正方案选择：DFT-D3、DFT-D3(BJ)与TS的定量对比

吸附能计算在表面催化研究中是家常便饭，但标准广义梯度近似（GGA）天生对范德华（vdW）作用的盲区，让一大批分子的吸附能计算……
2026-06-06 
VASP能带计算中的k点收敛性测试：从粗网格到精确结果的路径

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VASP能带计算的精度，往往在k点密度这一步就决定了上限。一个看似合理的能带结构图背后，可能隐藏着k点采样不足带来的系统性偏……
2026-06-06 
VASP功函数怎么计算：静电势方法与参数设置详解

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VASP功函数计算是表面科学和催化研究中的基础任务之一，但这个”基础”并不意味着简单。功函数的物理定义是将一个电……
2026-06-05 
VASP分子动力学模拟：AIMD计算的设置逻辑与注意事项

VASP分子动力学模拟：AIMD计算的设置逻辑与注意事项

在VASP的众多功能里，分子动力学模拟（AIMD）是计算成本最高也最容易出问题的那一类。与经典MD不同，VASP每个时间步都要完成一……
2026-06-05 
VASP计算分子能量：从孤立分子建模到BSSE校正的全流程

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用VASP算分子能量这件事，入门门槛比周期性体系低很多——不需要切表面、选slab模型、调控真空层。但也正因为”简单”……
2026-06-04 
HSE06杂化泛函能带计算优化：精度提升与计算成本平衡策略

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PBE算出的带隙偏小是行业共识。Si的实验带隙1.17 eV，PBE给出约0.55 eV——差了超过一倍。这不是某个体系的偶然，而是半局域交换……
2026-05-27 
VASP怎么算态密度
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分子对接的结合能：评分函数精度、构象采样与MM/PBSA后处理的完整评估

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