LAMMPS计算|材料科学模拟计算|LAMMPS力场计算

蛋白定点突变预测在热稳定性改造中的计算策略：从RosettaΔΔG到AlphaFold2多突变扫描

植酸酶是饲料工业中用量最大的酶制剂之一。它在动物消化道中水解植酸，释放出磷元素，减少磷排放。但这个酶的魔咒是热稳定性：……

2026-06-19

分子动力学模拟RMSD：从轨迹对齐到分段分析的蛋白构象稳定性判断方法

分子动力学模拟RMSD是每个做MD的人拿到轨迹后第一个跑的指标——Cα原子的均方根偏差告诉你蛋白是否稳定了、有没有大规模构象变化……

2026-06-18

LAMMPS计算径向分布函数：参数设置与物理含义的深度剖析

LAMMPS计算径向分布函数是分子动力学后处理中最基础也最常用的分析手段——无论是判断体系是否达到平衡态、识别晶体与液体的结构……

2026-06-17

LAMMPS粗粒化建模：从全原子映射到CG力场参数拟合的实战路径

LAMMPS粗粒化建模的起点不是打开LAMMPS写input script，而是回答一个前置问题：把哪些原子打包成一个bead？这个映射决策决定了……

2026-06-17

高分子动力学模拟：链长、温度和缠结——三个变量交织成Tg和扩散系数的十度偏差

高分子的动力学是一个时间尺度的阶梯——键振动（飞秒级）→侧基旋转（皮秒级）→链段运动（纳秒级）→整链扩散（微秒到毫秒级）→解……

2026-06-11

LAMMPS计算结合能：聚合物-纳米填料界面的结合能，从拔出模拟到PMF，力场精度决定你拉出来的是多少

LAMMPS计算结合能——尤其是聚合物-纳米填料界面的结合能——定义上很清楚：把一个纳米填料从聚合物基体中拉出来所需的功除以界面……

2026-06-11

LAMMPS粗粒化建模：把几万个原子缩减到几百个珠子，精度不是白送的

粗粒化（CG）的本质是一笔交易——用化学细节换时空尺度。把苯乙烯单体的16个原子映射成2个CG珠子，体系的总粒子数从12万降到1.5……

2026-06-11

材料拉伸模拟计算：从弹性段到颈缩失稳，有限元不是把曲线跑出来就算完

一个做铝合金板材的团队把Abaqus拉伸模拟的应力-应变曲线发过来，说仿真出来的抗拉强度比实验高了将近12%，问问题出在哪。单看……

2026-06-11

纳米流体在受限空间中的输运行为模拟——从体相到纳米通道，水的扩散系数怎么变了

体相水在300K下的自扩散系数是2.30×10⁻⁹ m²/s（实验值，NMR脉冲梯度场测量）。把这个数字套用到2nm直径的碳纳米管（CNT）内的……

2026-06-09

核酸结构的分子动力学模拟：从双螺旋到配体结合的动态路径

做核酸分子动力学模拟的人，第一次建体系的时候大概率会被离子中和这一步卡住。DNA在溶液里浑身带负电，磷酸骨架每两个核苷酸……

2026-06-08

石墨烯力学性能的分子动力学模拟：周期性边界与自由边界对断裂行为的系统性影响

石墨烯的力学传奇从2008年Lee等人用纳米压痕实验测出约130GPa的断裂强度开始，分子动力学模拟界就陷入了一场持续至今的方法论……

2026-06-06

溶液环境中蛋白质构象变化的分子动力学模拟：显式溶剂与隐式溶剂模型在构象采样中的权衡

溶液环境中蛋白质的构象变化是理解酶催化、蛋白质折叠和药物结合的核心问题。分子动力学模拟在这个问题上面临一个根本性的计算……

2026-06-06

纳米压痕分子动力学模拟中势函数的选择：EAM与MEAM对位错形核与力学响应的差异化影响

纳米压痕模拟的原子尺度精度高度依赖于势函数对缺陷能量的描述能力。势函数选择在弹性变形阶段似乎无关紧要，但当位错形核成为……

2026-06-06

界面热阻的分子动力学计算：NEMD建模策略与Green-Kubo积分的数据处理对比

界面热阻的分子动力学计算是现代微纳热管理器件设计中的核心问题。Si/Ge界面作为典型的异质半导体界面，其热输运性质的准确预……

2026-06-06

高分子玻璃化转变温度的分子动力学模拟：比体积法、MSD法与能量法的对比选择

聚甲基丙烯酸甲酯（PMMA）在320K附近出现了一段令人不安的温度平台——升温曲线上那长达50K的比体积平坦区，让OPLS-AA、PCFF和CO……

2026-06-06

LAMMPS分子动力学模拟：从力场选择到结果解读的完整流程

LAMMPS分子动力学模拟在材料科学和生物物理领域的应用越来越广，但”跑通”和”跑对”之间的距离，往往比……

2026-06-05

LAMMPS计算扩散系数：MSD方法与Einstein关系的操作细节

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2026-06-04

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2026-06-01

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动力学模拟计算：从Ab Initio MD到经典MD的方法选择与误差控制动力学模拟计算的核心矛盾，在于你想要的化学精度和你能付得起……

2026-06-01

MD分子动力学计算模拟：从力场选择到平衡判据的完整工作流

MD分子动力学计算模拟：从力场选择到平衡判据的完整工作流 MD分子动力学计算模拟，入门门槛看着不高——网上教程一搜一大把，几……

2026-06-01

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高通量分子对接：从万级化合物库筛选到先导化合物发现

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