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大分子分子动力学模拟：三链蛋白体系骨架涨落与溶剂可及表面积演化

大分子分子动力学模拟：三链蛋白体系骨架涨落与溶剂可及表面积演化

本项目对一条 158 残基蛋白进行 1 μs 全原子分子动力学模拟，力场 AMBER ff14SB，水模型 TIP3P，三个独立 500 ns 副本。分析骨……
2026-09-16 
lammps计算结合能

lammps计算结合能

项目过程：MOF-5 吸附 CO₂、CH₄、N₂ 的结合能与吸附热 客户研究 MOF-5 在气体分离中的应用，需要定量比较三种小分子在 MOF-5 ……
2026-09-08 
lammps计算结合能

lammps计算结合能

结合案例图分析，我把这个项目的完整过程、参数设置、结果解读和踩坑经验整理如下。 项目过程：lammps计算结合能 客户要算聚合……
2026-09-04 
钙钛矿分子动力学模拟熔化行为

钙钛矿分子动力学模拟熔化行为

一、项目背景与科学问题 全无机卤化物钙钛矿CsPbBr3因优异的热稳定性与光电性能成为钙钛矿光电器件的重要候选材料，但其在高温……
2026-09-03 
LAMMPS 计算粘度

LAMMPS 计算粘度

一、项目背景与科学问题 粘度是流体最重要的输运性质之一，它决定流体的流动阻力、传热传质效率与润滑性能，在化工、能源、微……
2026-08-31 
LAMMPS 计算声子谱

LAMMPS 计算声子谱

一、项目背景与科学问题 声子谱（phonon dispersion）描述晶格振动频率随波矢的色散关系，是连接晶格动力学与宏观热物性的桥梁……
2026-08-31 
LAMMPS 分子动力学模拟

LAMMPS 分子动力学模拟

一、项目背景与科学问题 纳米材料的力学性能与其块体形式存在显著差异：当材料尺寸缩小至纳米量级时，表面原子比例急剧增加、……
2026-08-31 
范德华力模拟计算

范德华力模拟计算

一、项目背景与科学问题 范德华力（van der Waals force）是原子与分子间普遍存在的弱相互作用，源于瞬时偶极涨落的关联，是惰……
2026-08-27 
分子动力学模拟粗粒化

分子动力学模拟粗粒化

全原子 MD 算高分子，原子数动辄几十万、时间卡在 ns，想看相分离或自组装这种 μs–ms 过程基本没戏。我这个项目客户的高分子体……
2026-08-21 
lammps粘度计算

lammps粘度计算

流体输运性质里，粘度是工业计算和材料设计常用的参数，但实验测高温或特殊体系的粘度往往很贵。我这个项目客户想算一种高温润……
2026-08-21 
lammps计算热导率

lammps计算热导率

这张图是本项目用 LAMMPS 算某种材料热导率的两种方法对比：左边是 NEMD（非平衡分子动力学）的温度梯度曲线，右边是 Green-Ku……
2026-08-20 
LAMMPS计算气体分子在固体表面吸附能的脚本编写

LAMMPS计算气体分子在固体表面吸附能的脚本编写

LAMMPS吸附能计算的基本思路 与VASP通过量子力学波函数计算能量不同，LAMMPS用经典力场计算原子间相互作用能。吸附能的公式相……
2026-08-17 
LAMMPS计算吸附能

LAMMPS计算吸附能

LAMMPS吸附能计算的基本思路 与VASP通过量子力学波函数计算能量不同，LAMMPS用经典力场计算原子间相互作用能。吸附能的公式相……
2026-08-13 
粗粒化分子动力学模拟

粗粒化分子动力学模拟

粗粒化分子动力学模拟，是每一个被全原子模拟的算力和时间逼到墙角的人必然会转向的出路。我刚做生物膜那会儿，想看一个膜蛋白……
2026-08-06 
lammps计算声子谱

lammps计算声子谱

lammps计算声子谱，是每一个想在力场精度下快速拿到晶格振动信息的人会走的一条务实路线。我刚接触声子那会儿，默认就是 Phono……
2026-08-06 
lammps计算rdf

lammps计算rdf

lammps计算rdf是分子动力学里最基础也最容易被误读的分析。我第一次算水的g(r)，在r=0附近冒出一个不该有的峰，以为发现了新结……
2026-08-04 
径向分布函数模拟计算

径向分布函数模拟计算

我第一次做 径向分布函数模拟计算是分析一段 10 ns 水的轨迹，bin 宽度设了 0.1 Å，画出来的 g_OO(r) 锯齿状乱抖，我还以为体……
2026-08-03 
径向分布函数理论计算

径向分布函数理论计算

我第一次做 径向分布函数理论计算是写水模型的 method 部分，审稿人问”你的 g_OO(r) 第一峰对应几配位”，我脱口而……
2026-08-03 
lammps计算自由能

lammps计算自由能

我第一次做 lammps计算自由能是把 A 原子慢慢”变”成 B 原子算固溶形成自由能，用 TI 积分 ⟨∂U/∂λ⟩，但忘了 LAMMPS……
2026-08-03 
拉伸动力学模拟

拉伸动力学模拟

我做 拉伸动力学模拟 最初是客户想知道一个蛋白域被 AFM 针头拽开要多少力。我设了个 0.1 nm/ns 的拉速跑了一发，给出 200 pN……
2026-07-31 
LAMMPS计算实战：从力场选择到大规模并行的经验总结
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