gromacs计算|蛋白与蛋白对接|gromacs氢键计算

大分子结构核磁预测：二级化学位移与实验化学位移关联

本项目基于 120 个残基的蛋白结构预测 ¹³Cα 与 ¹³Cβ 二级化学位移，并与 BMRB 实验值对比。使用 SHIFTS/SHIFTX2 等经验模型，……

2026-09-16

小分子高通量筛选：120 万化合物七级漏斗与富集因子分析

本项目针对某激酶靶点建立 120 万化合物虚拟筛选流程。流程为七级漏斗：虚拟库→药效团过滤→分子对接→MM-GBSA 重打分→聚类→ADME……

2026-09-16

界面分子动力学模拟：二氧化硅/水界面水化层结构与动力学

本项目构建羟基化二氧化硅（001）表面与 TIP3P 水的界面体系，共 42000 个水分子，温度 300 K，NVT 系综。通过 GROMACS 或 LAM……

2026-09-16

高斯分子动力学模拟

一、项目背景与科学问题从头算分子动力学（AIMD）将电子结构计算与经典力学轨迹传播相结合，每一步都在当前原子构型下重新求……

2026-08-31

GROMACS分子动力学模拟的性能调优与并行计算

性能优化的层次结构 GROMACS是开源MD软件中性能最强的之一，但默认配置往往只能发挥50-70%的硬件潜力。本项目中遇到过这样的情……

2026-08-17

GROMACS分子动力学模拟的性能调优与并行计算

性能优化的层次结构 GROMACS是开源MD软件中性能最强的之一，但默认配置往往只能发挥50-70%的硬件潜力。本项目中遇到过这样的情……

2026-08-13

gpcr分子动力学模拟

gpcr分子动力学模拟是膜蛋白计算里最考验耐心的一类——GPCR 嵌在脂质双分子层里，构象变化决定了它怎么识别配体、怎么激活下游……

2026-08-11

gromacs自由能计算

我第一次做 gromacs自由能计算是算一个药物分子的水合自由能，mdp 里忘了开 couple-intramol，结果把分子内部相互作用也耦合掉……

2026-08-03

高通量分子筛选：从算力并行到结果聚合的工程化路径

高通量分子筛选把”候选药物分子筛选”的层级思路放大到材料、催化剂、吸附剂领域，难点从”算法准不准”……

2026-07-30

GROMACS分子动力学模拟：从建模到轨迹分析完整流程

一、背景与需求 gromacs 分子动力学模拟是材料科学和生物物理领域使用最广泛的MD软件之一。GROMACS开源、高效、并行性好，在处……

2026-07-28

Gromacs代算 — 科研用户的GROMACS分子动力学外包服务选型与质量验收指南

Gromacs代算的市场现状是混乱的。淘宝上200一篇的MD代做、QQ群里号称”三天交付”的个人接单、到正规科研服务公司的……

2026-07-21

高斯加速分子动力学模拟 — GaMD突破常规MD采样瓶颈的原理与实践

高斯加速分子动力学模拟（Gaussian accelerated Molecular Dynamics, GaMD）的核心痛点是解决”等不到”的问题。常……

2026-07-20

GROMACS计算自由能 — 从伞形采样到结合自由能的实战复盘

GROMACS计算自由能在分子模拟中占据特殊地位——它回答的不是”结构是什么”而是”结合有多强”。从药物-靶……

2026-07-15

高斯分子动力学模拟 — 从Born-Oppenheimer MD到轨道动力学的方法复盘

高斯分子动力学模拟是指利用Gaussian程序包进行从头算分子动力学（AIMD）计算。与经典MD用力场描述原子间相互作用不同，高斯分……

2026-07-15

Gromacs模拟计算：从建模到自由能的完整经验指南

GROMACS不仅是一个MD引擎，更是一套完整的分子模拟工具链——从力场参数化、拓扑生成到自由能计算，每个环节都有专业工具支持。……

2026-07-07

GROMACS分子动力学模拟：生物分子实战经验全分享

GROMACS是生物分子模拟领域的王者——蛋白质折叠、药物-靶点结合、膜动力学，几乎所有生物物理计算都用GROMACS。相比LAMMPS擅长……

2026-07-07

材料拉伸计算：有限元方法与力学性能分析

材料拉伸是评价材料力学性能最基本和最重要的试验方法。通过拉伸试验可以获取材料的屈服强度、抗拉强度、延伸率、弹性模量等关……

2026-07-06

GROMACS分子动力学模拟：从力场选择到自由能计算的完整工作流

GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是生物分子模拟社区使用最广泛的分子动力学（MD）软件之一，以其对蛋……

2026-07-02

GROMACS计算自由能：FEP全流程参数优化与膜蛋白体系的特殊处理

不少用户在委托GROMACS计算自由能相关计算任务时，都会提出一个共性问题：FEP计算需要多长时间？λ窗口设置多少个才够？结果误……

2026-06-29

分子动力学模拟GROMACS完整流程：力场选择、平衡与轨迹分析方法

项目组在对一个激酶蛋白与抑制剂复合物体系进行分子动力学模拟gromacs时，经历了一段让人神经紧绷的调试过程。体系包含约42000……

2026-06-25

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GROMACS计算全流程：从体系构建到成品轨迹的实操经验

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