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首页 > 分子动力学模拟 > VASP计算 (第 7 页)
分子动力学理论计算：从牛顿方程到生物分子模拟的底层逻辑

分子动力学理论计算：从牛顿方程到生物分子模拟的底层逻辑

分子动力学理论计算的出发点是牛顿第二定律。每个原子在势能场的梯度驱使下加速、位移、与其他原子发生碰撞，这套决定原子轨迹……
2026-06-28 
分子计算模拟：从力场选择到动力学行为预测的完整技术路径

分子计算模拟：从力场选择到动力学行为预测的完整技术路径

分子计算模拟在这个项目里卡了整整三周，原因追踪到最后，是力场参数与研究对象之间的适配性被低估了。项目本身并不复杂：一条……
2026-06-28 
VASP功函数计算在光电器件界面设计中的精确求解策略

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VASP功函数计算作为预测材料电子逃逸能力和界面能级对齐的核心手段，在钙钛矿太阳能电池的界面工程设计中已从辅助表征演进为决……
2026-06-28 
MD分子动力学模拟实战：体系搭建、热浴选择与物理性质统计方法

MD分子动力学模拟实战：体系搭建、热浴选择与物理性质统计方法

300 K水温在500 ps后飙到450 K的 thermostat 失效 分子动力学（MD）模拟的核心是牛顿方程的数值积分，但”数值稳定”……
2026-06-26 
VASP结合分子动力学模拟：第一性原理MD、超胞热力学与相变动力学

VASP结合分子动力学模拟：第一性原理MD、超胞热力学与相变动力学

1 fs时间步长与200步总步长的”伪动力学” VASP的分子动力学模块（IBRION=0）常被误认为”可以替代LAMMPS̶……
2026-06-26 
分子动力学计算模拟方法论：时间步长、系综选择与温压控制策略

分子动力学计算模拟方法论：时间步长、系综选择与温压控制策略

在一次跨课题组讨论中，有人抛出一个问题：”你们做分子动力学计算模拟时，时间步长选1fs还是2fs？系综用NVT还是NPT？……
2026-06-25 
分子动力学理论计算：统计力学根基与各态历经假设的实践检验

分子动力学理论计算：统计力学根基与各态历经假设的实践检验

分子动力学理论计算的理论根基是统计力学，但大多数MD教程直接跳到”怎么跑LAMMPS”。项目组在液态氩的热容计算中遇……
2026-06-24 
电解液分子动力学模拟：离子电导率预测与溶剂化结构分析

电解液分子动力学模拟：离子电导率预测与溶剂化结构分析

电解液分子动力学模拟中，项目组最纠结的一次经历是：AIMD和经典MD（OPLS-AA力场）给出的Li⁺扩散系数差了约2倍。1M LiPF6/EC-D……
2026-06-24 
分子动力学的计算：系综选择、时间步长与恒温器对比

分子动力学的计算：系综选择、时间步长与恒温器对比

分子动力学的计算中，项目组遇到过一个诡异现象：用Nosé-Hoover恒温器跑蛋白质在水中的NVT模拟，温度曲线在300K附近振荡幅度±2……
2026-06-24 
扩散分子动力学模拟：从MSD斜率到扩散系数的统计陷阱与规避方法

扩散分子动力学模拟：从MSD斜率到扩散系数的统计陷阱与规避方法

一个离子在碳纳米管内扩散的计算项目，提交的扩散系数和实验值差了40%——不是力场参数的问题，是MSD曲线的拟合窗口选错了。扩散……
2026-06-23 
生物分子动力学模拟：蛋白质在显式溶剂中的构象采样与力场选择

生物分子动力学模拟：蛋白质在显式溶剂中的构象采样与力场选择

一个固有无序蛋白（IDP）的构象采样项目，用CHARMM22力场跑完300 ns后，蛋白的Rα值从实验测定的18 Å坍缩到8 Å——构象空间被力场……
2026-06-23 
分子动力学模拟如何做：从初始结构到可发表轨迹的十步工作流

分子动力学模拟如何做：从初始结构到可发表轨迹的十步工作流

一个激酶-抑制剂复合物的模拟项目，第一次跑了200 ns之后RMSD漂移到8 Å，蛋白的DFG-loop区域出现了肉眼可见的局部展开。排查根……
2026-06-23 
VASP计算吉布斯自由能：金属表面吸附自由能中ZPE、振动熵与平动熵的校正链

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一个Cu(211)表面CO₂吸附自由能的计算项目，初始阶段只取了VASP输出的电子能量E_elec做吸附能对比，得到的CO₂吸附自由能是-0.22……
2026-06-23 
分子动力模拟解析蛋白质在水-有机溶剂界面的结构失稳全过程

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在生物催化的工业应用里，脂肪酶是一类被充分研究的酶。它有一个标志性的结构特征——活性位点上方覆盖着一个两亲性的α-螺旋R……
2026-06-19 
VASP可以计算分子能量吗：气相分子DFT的周期边界修正与Gaussian交叉验证

VASP可以计算分子能量吗：气相分子DFT的周期边界修正与Gaussian交叉验证

VASP可以计算分子能量吗——这个问题在VASP用户群里反复出现，原因很简单：VASP是为周期性固体设计的平面波程序，用它算孤立分子……
2026-06-18 
分子动力学模拟对接：MD精修配体构象与对接打分互补的筛选策略

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分子动力学模拟对接——这个名字本身就在说两件事：先用对接做快速虚拟筛选，再用MD做构象精修和稳定性评判。单独做对接的高分分……
2026-06-18 
全原子分子动力学模拟原理：力场选择、时间步长与系综耦合的物理账本

全原子分子动力学模拟原理：力场选择、时间步长与系综耦合的物理账本

全原子分子动力学模拟原理——把牛顿运动方程用飞秒级步长做数值积分，通过统计力学连接微观轨迹和宏观可观测量——这套理论框架本……
2026-06-18 
分子结构预测：从DFT全局优化到ML辅助搜索的实战复盘

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分子结构预测是所有计算化学工作的地基——没有可靠的分子构型，后续的电子结构、光谱、动力学性质计算全都建立在不确定的基础之……
2026-06-17 
VASP分子动力学模拟：一个高温下MgO熔体结构的AIMD分析

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提到分子动力学模拟，很多人首先想到的是GROMACS、LAMMPS这些基于经验势的经典MD软件。但在某些体系中，经验势的局限性会成为……
2026-06-16 
siRNA序列高通量筛选：从靶标mRNA到有效siRNA序列的计算设计流程

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siRNA（小干扰RNA）的作用机制是RNA干扰——21-23个核苷酸的双链RNA引导RISC复合体到靶标mRNA上，通过序列互补配对实现mRNA的降……
2026-06-15 
VASP计算全流程：从结构优化到电子结构分析的经验总结
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