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分子动力学模拟
> VASP计算 (第 5 页)
VASP功函数计算在光电器件界面设计中的精确求解策略
VASP功函数计算作为预测材料电子逃逸能力和界面能级对齐的核心手段,在钙钛矿太阳能电池的界面工程设计中已从辅助表征演进为决……
2026-06-28
MD分子动力学模拟实战:体系搭建、热浴选择与物理性质统计方法
300 K水温在500 ps后飙到450 K的 thermostat 失效 分子动力学(MD)模拟的核心是牛顿方程的数值积分,但”数值稳定”……
2026-06-26
VASP结合分子动力学模拟:第一性原理MD、超胞热力学与相变动力学
1 fs时间步长与200步总步长的”伪动力学” VASP的分子动力学模块(IBRION=0)常被误认为”可以替代LAMMPS̶……
2026-06-26
分子动力学计算模拟方法论:时间步长、系综选择与温压控制策略
在一次跨课题组讨论中,有人抛出一个问题:”你们做分子动力学计算模拟时,时间步长选1fs还是2fs?系综用NVT还是NPT?……
2026-06-25
分子动力学理论计算:统计力学根基与各态历经假设的实践检验
分子动力学理论计算的理论根基是统计力学,但大多数MD教程直接跳到”怎么跑LAMMPS”。项目组在液态氩的热容计算中遇……
2026-06-24
电解液分子动力学模拟:离子电导率预测与溶剂化结构分析
电解液分子动力学模拟中,项目组最纠结的一次经历是:AIMD和经典MD(OPLS-AA力场)给出的Li⁺扩散系数差了约2倍。1M LiPF6/EC-D……
2026-06-24
分子动力学的计算:系综选择、时间步长与恒温器对比
分子动力学的计算中,项目组遇到过一个诡异现象:用Nosé-Hoover恒温器跑蛋白质在水中的NVT模拟,温度曲线在300K附近振荡幅度±2……
2026-06-24
扩散分子动力学模拟:从MSD斜率到扩散系数的统计陷阱与规避方法
一个离子在碳纳米管内扩散的计算项目,提交的扩散系数和实验值差了40%——不是力场参数的问题,是MSD曲线的拟合窗口选错了。扩散……
2026-06-23
生物分子动力学模拟:蛋白质在显式溶剂中的构象采样与力场选择
一个固有无序蛋白(IDP)的构象采样项目,用CHARMM22力场跑完300 ns后,蛋白的Rα值从实验测定的18 Å坍缩到8 Å——构象空间被力场……
2026-06-23
分子动力学模拟如何做:从初始结构到可发表轨迹的十步工作流
一个激酶-抑制剂复合物的模拟项目,第一次跑了200 ns之后RMSD漂移到8 Å,蛋白的DFG-loop区域出现了肉眼可见的局部展开。排查根……
2026-06-23
VASP计算吉布斯自由能:金属表面吸附自由能中ZPE、振动熵与平动熵的校正链
一个Cu(211)表面CO₂吸附自由能的计算项目,初始阶段只取了VASP输出的电子能量E_elec做吸附能对比,得到的CO₂吸附自由能是-0.22……
2026-06-23
分子动力模拟解析蛋白质在水-有机溶剂界面的结构失稳全过程
在生物催化的工业应用里,脂肪酶是一类被充分研究的酶。它有一个标志性的结构特征——活性位点上方覆盖着一个两亲性的α-螺旋R……
2026-06-19
VASP可以计算分子能量吗:气相分子DFT的周期边界修正与Gaussian交叉验证
VASP可以计算分子能量吗——这个问题在VASP用户群里反复出现,原因很简单:VASP是为周期性固体设计的平面波程序,用它算孤立分子……
2026-06-18
分子动力学模拟对接:MD精修配体构象与对接打分互补的筛选策略
分子动力学模拟对接——这个名字本身就在说两件事:先用对接做快速虚拟筛选,再用MD做构象精修和稳定性评判。单独做对接的高分分……
2026-06-18
全原子分子动力学模拟原理:力场选择、时间步长与系综耦合的物理账本
全原子分子动力学模拟原理——把牛顿运动方程用飞秒级步长做数值积分,通过统计力学连接微观轨迹和宏观可观测量——这套理论框架本……
2026-06-18
分子结构预测:从DFT全局优化到ML辅助搜索的实战复盘
分子结构预测是所有计算化学工作的地基——没有可靠的分子构型,后续的电子结构、光谱、动力学性质计算全都建立在不确定的基础之……
2026-06-17
VASP分子动力学模拟:一个高温下MgO熔体结构的AIMD分析
提到分子动力学模拟,很多人首先想到的是GROMACS、LAMMPS这些基于经验势的经典MD软件。但在某些体系中,经验势的局限性会成为……
2026-06-16
siRNA序列高通量筛选:从靶标mRNA到有效siRNA序列的计算设计流程
siRNA(小干扰RNA)的作用机制是RNA干扰——21-23个核苷酸的双链RNA引导RISC复合体到靶标mRNA上,通过序列互补配对实现mRNA的降……
2026-06-15
污染扩散模拟计算:一个化工园区大气扩散项目的完整复盘
污染扩散模拟计算这个方向,说起来原理不复杂——本质上是求解对流扩散方程。但真正落到一个具体项目上,从气象数据处理到模型标……
2026-06-15
VASP计算中的磁性材料模拟:从自旋极化到磁相变
磁性材料在信息存储、自旋电子学、量子计算等领域具有重要应用。密度泛函理论(DFT)计算,特别是使用VASP软件,为磁性材料的……
2026-06-14
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