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自组装分子结构预测

自组装分子结构预测

做 自组装分子结构预测 之前,我天真地想用全原子 MD 直接看一个两亲肽怎么聚成纤维。结果 200 ns 只看到两三个分子犹豫要不要……
2026-07-31 
分子自组装计算 — 氢键网络驱动的超分子层级组装模拟

分子自组装计算 — 氢键网络驱动的超分子层级组装模拟

为什么有些超分子体系能从单分子一直组装到宏观凝胶 脲基嘧啶酮(UPy)是超分子化学中的明星分子——它通过四重氢键形成极强的二……
2026-07-17 
分子自组装服务 — 临界胶束浓度CMC的模拟预测方法

分子自组装服务 — 临界胶束浓度CMC的模拟预测方法

CMC预测为什么不能靠”跑一跑看” 临界胶束浓度(CMC)是分子自组装服务中最常被咨询的参数之一。无论是表面活性剂……
2026-07-17 
多肽自组装计算 — 短肽β-sheet自组装的粗粒化MD模拟方法

多肽自组装计算 — 短肽β-sheet自组装的粗粒化MD模拟方法

为什么模拟短肽自组装比想象中难得多 短肽自组装在生物材料、药物递送和纳米技术中有着广泛的应用前景。一个经典的例子是二苯……
2026-07-17 
分子自组装服务 — 从胶束形成到超分子结构的模拟实战

分子自组装服务 — 从胶束形成到超分子结构的模拟实战

分子自组装服务是计算化学中一个独特的方向——不模拟单个分子的行为,而是模拟大量分子如何自发组织成有序结构。从表面活性剂胶……
2026-07-15 
分子自组装计算:模拟与理论方法全解析

分子自组装计算:模拟与理论方法全解析

分子自组装计算是利用计算化学与分子模拟手段研究分子自发组织成有序结构的过程,广泛应用于纳米材料、超分子化学和生物体系等……
2026-07-10 
分子自组装服务:从相互作用设计到组装结构预测的计算方案

分子自组装服务:从相互作用设计到组装结构预测的计算方案

分子自组装是分子通过非共价相互作用自发组织成有序结构的过程,在超分子化学、纳米技术和生物材料领域具有核心地位。理解自组……
2026-06-30 
晶体结构预测:从空间群搜索到全局最优构型的计算策略

晶体结构预测:从空间群搜索到全局最优构型的计算策略

晶体结构预测是计算材料科学中最具挑战性的研究方向之一——给定化学组成,仅凭物理原理预测稳定存在的晶体结构。这一问题的核心……
2026-06-30 
Materials Studio分子动力学模拟:Forcite、Amorphous Cell与COMPASS力场实战

Materials Studio分子动力学模拟:Forcite、Amorphous Cell与COMPASS力场实战

300 K下聚乙烯的”假结晶” Materials Studio(MS)的Forcite模块是工业界最常用的分子动力学工具之一,但”默……
2026-06-26 
自组装分子结构预测方法详解:MD模拟与粗粒化模型

自组装分子结构预测方法详解:MD模拟与粗粒化模型

两亲性嵌段共聚物在选择性溶剂中的自组装行为,理论上有清晰的相图——球状胶束、柱状胶束、囊泡,各有对应的堆积参数区间。但当……
2026-06-25 
计算模拟分子组装:分子动力学追踪自组装路径与有序度表征

计算模拟分子组装:分子动力学追踪自组装路径与有序度表征

分子自组装的迷人之处在于:不需要外部指令,分子仅靠热涨落和自身相互作用就能组织出有序结构。但”仅靠”二字背后……
2026-06-25 
高通量药物筛选:虚拟筛选管线与先导化合物优化策略

高通量药物筛选:虚拟筛选管线与先导化合物优化策略

高通量药物筛选项目中,项目组为一家药企做激酶抑制剂筛选,从百万级化合物库出发,经过四轮虚拟筛选和实验验证,最终获得数个……
2026-06-24 
生物大分子自组装:脂质双层与蛋白质聚集的分子动力学模拟策略

生物大分子自组装:脂质双层与蛋白质聚集的分子动力学模拟策略

生物大分子自组装是自然界中最优雅的结构形成过程——脂质分子在水中自发排列成双层膜、蛋白质从无序状态折叠成功能构象、淀粉样……
2026-06-17 
自组装分子动力学模拟:两亲性嵌段共聚物的相行为预测

自组装分子动力学模拟:两亲性嵌段共聚物的相行为预测

嵌段共聚物的自组装比小分子表面活性剂复杂得多——它的每一个”构件”本身就是一个聚合物链段,链段的长度、比例、柔……
2026-06-16 
分子自组装模拟:一个表面活性剂胶束体系的微观结构分析

分子自组装模拟:一个表面活性剂胶束体系的微观结构分析

自组装是自然界中最精巧的组织方式之一——表面活性剂分子在溶液中自发地排列成胶束、囊泡、层状相等有序结构,不需要任何外部指……
2026-06-16 
蛋白质结构预测的实践困境——从同源建模到AlphaFold的经验复盘

蛋白质结构预测的实践困境——从同源建模到AlphaFold的经验复盘

蛋白质结构预测这个方向,如果从1960年代的Levinthal悖论算起,已经走了六十多年。2021年AlphaFold2在CASP14上把平均GDT-TS提……
2026-06-13 
CASTEP计算吸附能:平面波和原子轨道在氧化物表面吸附上的表现差在哪

CASTEP计算吸附能:平面波和原子轨道在氧化物表面吸附上的表现差在哪

CASTEP吸附能计算和VASP同属平面波DFT阵营,底层算法相近,但赝势库不同、默认参数不同、收敛行为也有微妙的差异。一个做光催……
2026-06-11 
蛋白结合位点预测:从序列到口袋的精准定位

蛋白结合位点预测:从序列到口袋的精准定位

做药物设计的人,大多在结合位点预测这一步踩过坑。预测出来的口袋看着挺合理,对接进去的结合模式也说得通,结果合成出来一测……
2026-06-08 
小分子自组装动力学模拟:聚集路径与形貌演化的完整追踪

小分子自组装动力学模拟:聚集路径与形貌演化的完整追踪

小分子自组装动力学模拟这个方向,门槛不算高,但要做到真正有物理参考价值的程度,需要对自组装热力学和动力学之间的权衡有清……
2026-04-28