gromacs计算|蛋白与蛋白对接|gromacs氢键计算

gromacs自由能计算

我第一次做 gromacs自由能计算是算一个药物分子的水合自由能，mdp 里忘了开 couple-intramol，结果把分子内部相互作用也耦合掉……

2026-08-03

高通量分子筛选：从算力并行到结果聚合的工程化路径

高通量分子筛选把”候选药物分子筛选”的层级思路放大到材料、催化剂、吸附剂领域，难点从”算法准不准”……

2026-07-30

GROMACS分子动力学模拟：从建模到轨迹分析完整流程

一、背景与需求 gromacs 分子动力学模拟是材料科学和生物物理领域使用最广泛的MD软件之一。GROMACS开源、高效、并行性好，在处……

2026-07-28

Gromacs代算 — 科研用户的GROMACS分子动力学外包服务选型与质量验收指南

Gromacs代算的市场现状是混乱的。淘宝上200一篇的MD代做、QQ群里号称”三天交付”的个人接单、到正规科研服务公司的……

2026-07-21

高斯加速分子动力学模拟 — GaMD突破常规MD采样瓶颈的原理与实践

高斯加速分子动力学模拟（Gaussian accelerated Molecular Dynamics, GaMD）的核心痛点是解决”等不到”的问题。常……

2026-07-20

GROMACS计算自由能 — 从伞形采样到结合自由能的实战复盘

GROMACS计算自由能在分子模拟中占据特殊地位——它回答的不是”结构是什么”而是”结合有多强”。从药物-靶……

2026-07-15

高斯分子动力学模拟 — 从Born-Oppenheimer MD到轨道动力学的方法复盘

高斯分子动力学模拟是指利用Gaussian程序包进行从头算分子动力学（AIMD）计算。与经典MD用力场描述原子间相互作用不同，高斯分……

2026-07-15

Gromacs模拟计算：从建模到自由能的完整经验指南

GROMACS不仅是一个MD引擎，更是一套完整的分子模拟工具链——从力场参数化、拓扑生成到自由能计算，每个环节都有专业工具支持。……

2026-07-07

GROMACS分子动力学模拟：生物分子实战经验全分享

GROMACS是生物分子模拟领域的王者——蛋白质折叠、药物-靶点结合、膜动力学，几乎所有生物物理计算都用GROMACS。相比LAMMPS擅长……

2026-07-07

材料拉伸计算：有限元方法与力学性能分析

材料拉伸是评价材料力学性能最基本和最重要的试验方法。通过拉伸试验可以获取材料的屈服强度、抗拉强度、延伸率、弹性模量等关……

2026-07-06

GROMACS分子动力学模拟：从力场选择到自由能计算的完整工作流

GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是生物分子模拟社区使用最广泛的分子动力学（MD）软件之一，以其对蛋……

2026-07-02

GROMACS计算自由能：FEP全流程参数优化与膜蛋白体系的特殊处理

不少用户在委托GROMACS计算自由能相关计算任务时，都会提出一个共性问题：FEP计算需要多长时间？λ窗口设置多少个才够？结果误……

2026-06-29

分子动力学模拟GROMACS完整流程：力场选择、平衡与轨迹分析方法

项目组在对一个激酶蛋白与抑制剂复合物体系进行分子动力学模拟gromacs时，经历了一段让人神经紧绷的调试过程。体系包含约42000……

2026-06-25

GROMACS计算自由能：膜蛋白-配体FEP结合能中电荷-范德华解耦与BAR收敛

一个GPCR-拮抗剂体系的结合自由能计算项目，初始FEP设置在20个等间距λ窗口上跑了每窗口2 ns，BAR给出的ΔG值是-8.3 ± 2.1 kcal/……

2026-06-23

分子动力学模拟计算：GROMACS蛋白质-配体复合物稳定性验证全流程

分子动力学模拟计算是对接结果的时间维度延伸——对接给出静态结合构象，MD在纳秒到微秒时间尺度上追踪体系演化，验证结合模式能……

2026-06-19

GROMACS分子动力学模拟：一个离子液体体系中锂离子传输的机理研究

离子液体作为新型电解质的潜力已经不需要再论证，但锂离子在离子液体中的传输行为比传统碳酸酯电解质复杂得多——高黏度、强配位……

2026-06-16

全原子分子动力学模拟原理：从力场参数到轨迹分析的完整链条

全原子分子动力学模拟的原理，教科书上讲得清楚——牛顿第二定律逐帧积分，每个原子受力来自力场的解析表达式。但真正上手跑一个……

2026-06-15

蛋白质-配体结合自由能的MM/PBSA计算中采样不足如何影响结果

MM/PBSA在药物设计里用得非常多——把一个蛋白-配体复合物的MD轨迹拿出来，对每个帧算一次分子力学能+溶剂化自由能，取平均，复……

2026-06-09

聚合物玻璃化转变温度的分子动力学模拟——Tg计算中五个容易忽略的收敛问题

聚合物Tg的MD模拟逻辑上很直接：在不同温度下跑NPT平衡，把比体积对温度做图，两条直线的交点就是Tg。这个逻辑本身没毛病，但……

2026-06-09

高斯Anharmonic计算：为什么谐振近似会误导你

做振动光谱计算的人，大多在某个阶段被谐振近似的结果搞失望过。算出来的红外频率，和实验值稳定地差5-10%，氢能键体系甚至能……

2026-06-08

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GROMACS计算全流程：从体系构建到成品轨迹的实操经验

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