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分子动力学模拟
> 分子对接 (第 2 页)
MD模拟分子动力学 — 分子动力学方法在材料科学研究中的关键应用
一、背景：MD模拟为什么是材料计算的基石 在材料科学中，实验手段（DSC、DMA、NMR、中子散射等）能够测量材料的宏观性能，但通……
2026-07-24
从头算分子动力学模拟 — Ab Initio MD方法对比与实战选择指南
一、背景：AIMD解决了经典MD的什么痛点 分子动力学模拟的一个根本局限在于：经典力场无法描述电子结构的变化。当你的模拟涉及……
2026-07-24
MOE分子动力学模拟 — 药物设计场景下的分子动力学计算实战指南
一、背景：MOE在MD领域的定位 MOE（Molecular Operating Environment）在国内药物化学和计算化学领域的知名度远不如Schrödinge……
2026-07-24
晶体分子动力学模拟 — 从晶格建模到缺陷演化的全技术方案
一、背景：晶体MD的独特之处 晶体材料与非晶材料的分子动力学模拟有一个本质区别：晶体的原子排列具有严格的周期性长程序。这……
2026-07-24
分子对接动力学模拟 — 对接复合物的动态行为与结合自由能面分析
分子对接动力学模拟的目标不是看”配体在不在口袋里”——那是RMSD分析就能回答的问题——而是理解”配体在口袋中……
2026-07-20
分子动力学模拟对接 — 动力学构象采样与对接的结合策略
分子动力学模拟对接和”对接后MD验证”是不同的思路——前者是从MD轨迹中提取多个受体构象来做对接（ensemble docking……
2026-07-20
分子对接分子动力学模拟 — 从虚拟筛选到命中验证的完整流水线
分子对接分子动力学模拟解决的是虚拟筛选（Virtual Screening）的最核心痛点：对接软件排出的top 100很可能有90%是假阳性——即……
2026-07-20
分子动力学模拟分子对接 — 先对接后MD验证的构象筛选策略
分子动力学模拟分子对接解决了一个核心痛点：对接软件（AutoDock Vina、Glide、GOLD等）给出的”最佳构象”是按打分……
2026-07-20
MS分子对接服务 — 从受体准备到结合模式预测的全流程实战
MS分子对接服务是药物设计和分子相互作用研究中的核心计算手段。分子对接通过预测小分子配体与生物大分子受体之间的结合模式和……
2026-07-15
做分子对接：从靶点筛选到先导化合物优化的计算路径
做分子对接是计算机辅助药物设计中最基础也是最关键的环节。这个项目围绕一种EGFR突变型非小细胞肺癌靶点展开，目标是从一个含……
2026-07-12
分子对接外包：虚拟筛选流程标准化与交付质量控制
分子对接外包在药企研发中是常见的提速手段，但虚拟筛选流程标准不统一、交付物质量参差不齐、计算结果可复现性差，如何建立标……
2026-07-09
反向分子对接服务：从活性化合物到靶标蛋白的逆向筛选路径
反向分子对接服务在靶标发现和药物重定位中价值显著，但靶标数据库覆盖范围有限、打分函数偏差导致假阳性率高、实验验证率不稳……
2026-07-09
分子动力学对接：从刚性对接到柔性采样的结合模式分析
分子动力学对接在药物发现中是关键手段，但刚性对接初始构型质量不均、柔性对接采样效率低、结合模式验证缺乏统一标准，如何系……
2026-07-09
晶体结构预测：从能量 landscapes 到空间群筛选的完整路径
晶体结构预测在材料设计和药物多晶型筛选中是核心环节，但构型搜索空间维度高、能量排序精度依赖方法选择、实验验证率不稳定，……
2026-07-09
分子结构预测的计算路径：从力场选择到构象采样的实战困境
分子结构预测在这个抗新冠病毒药物设计项目里，从一开始就面临着一个尖锐的矛盾。手头的靶标蛋白是一个此前未被解析过结构的转……
2026-07-03
分子对接模拟：从虚拟筛选到结合模式预测的实战边界
分子对接模拟在药物发现管线中是最前置的计算筛网——当一个全新靶点结构刚被解析出来，还没有任何先导化合物时，分子对接模拟往……
2026-07-03
PyMOL分子对接：可视化分析蛋白-配体相互作用的实战手册
PyMOL自问世以来便成为结构生物学社区可视化蛋白三维结构和分子间相互作用的标准工具，在分子对接结果的分析、验证和论文图表……
2026-07-02
结合能分子对接：从打分函数到MM/GBSA重打分的精准亲和力评估
在基于结构的药物设计中，分子对接提供了极其经济的蛋白-配体结合模式预测和初步亲和力排序，但对接打分函数对结合能的估计精……
2026-07-02
分子对接模拟：从蛋白-配体识别到结合自由能预测的计算方案
在药物研发和化学生物学研究中，分子对接模拟能够在实验筛选之前预先预测小分子配体与靶点蛋白的结合模式和亲和力，大幅降低湿……
2026-07-02
VASP计算分子对接：电子结构辅助结合模式分析的联合计算策略
在高校科研院所的药物-靶点相互作用研究实践中，VASP计算分子对接是一个相对较少被讨论但极具价值的技术方向。传统分子对接完……
2026-06-29
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同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程
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分子对接和分子模拟：从AutoDock Vina到MD验证的完整工作流
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蛋白药物小分子对接：结合姿态与亲和力评估的完整链条
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