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首页 > 分子动力学模拟 > 分子对接 (第 4 页)
分子动力学结果分析：RMSD、氢键与自由能的拆解路径

分子动力学结果分析：RMSD、氢键与自由能的拆解路径

分子动力学模拟跑完只是开始，真正决定一篇论文能不能站住脚的，是结果分析这一步。我用GROMACS做了十二年蛋白与小分子体系，……
2026-07-30 
拉伸分子动力学模拟详解：从应力应变曲线到断裂机制的计算实战

拉伸分子动力学模拟详解：从应力应变曲线到断裂机制的计算实战

2019年客户甩给我一个任务——预测某种高强度聚乙烯纤维的拉伸断裂强度，实验测出来是3.2 GPa，要我算出个差不多的数字就行。我……
2026-07-29 
晶体分子动力学模拟：热稳定性、缺陷演化与相变行为的计算解析

晶体分子动力学模拟：热稳定性、缺陷演化与相变行为的计算解析

做材料计算的人，多多少少都有点”完美晶体情结”——我们习惯从单胞出发，用DFT算总能、能带、态密度，然后觉得这就……
2026-07-29 
水凝胶分子动力学模拟：从交联网络建模到溶胀行为预测

水凝胶分子动力学模拟：从交联网络建模到溶胀行为预测

2019年接了一个挺特殊的项目——客户要优化一种温敏性PNIPAM水凝胶的溶胀比，实验组试了七八种交联剂配方，溶胀曲线就是不收敛。……
2026-07-29 
粗粒化分子动力学模拟详解：从力场构建到生物大分子应用实战

粗粒化分子动力学模拟详解：从力场构建到生物大分子应用实战

入行头五年，我一直在用全原子分子动力学做蛋白-配体体系。那会儿觉得48核跑一周已经算”大规模”了，直到接手一个……
2026-07-29 
药物分子动力学模拟：从靶点-配体结合到自由能计算的实战路径

药物分子动力学模拟：从靶点-配体结合到自由能计算的实战路径

我做药物分子动力学模拟十几年了，从早期的分子对接到现在的自由能微扰（FEP），这个领域的方法论迭代很快，但有些核心问题始……
2026-07-29 
分子动力学模拟计算 — 从硬件配置到计算效率优化的全维度方案

分子动力学模拟计算 — 从硬件配置到计算效率优化的全维度方案

一、背景：不是所有MD计算都一样 分子动力学模拟的计算成本跨度极大——从100个原子的AIMD在集群上跑一周，到100万个原子的粗粒……
2026-07-24 
MD模拟分子动力学 — 分子动力学方法在材料科学研究中的关键应用

MD模拟分子动力学 — 分子动力学方法在材料科学研究中的关键应用

一、背景：MD模拟为什么是材料计算的基石 在材料科学中，实验手段（DSC、DMA、NMR、中子散射等）能够测量材料的宏观性能，但通……
2026-07-24 
从头算分子动力学模拟 — Ab Initio MD方法对比与实战选择指南

从头算分子动力学模拟 — Ab Initio MD方法对比与实战选择指南

一、背景：AIMD解决了经典MD的什么痛点 分子动力学模拟的一个根本局限在于：经典力场无法描述电子结构的变化。当你的模拟涉及……
2026-07-24 
MOE分子动力学模拟 — 药物设计场景下的分子动力学计算实战指南

MOE分子动力学模拟 — 药物设计场景下的分子动力学计算实战指南

一、背景：MOE在MD领域的定位 MOE（Molecular Operating Environment）在国内药物化学和计算化学领域的知名度远不如Schrödinge……
2026-07-24 
晶体分子动力学模拟 — 从晶格建模到缺陷演化的全技术方案

晶体分子动力学模拟 — 从晶格建模到缺陷演化的全技术方案

一、背景：晶体MD的独特之处 晶体材料与非晶材料的分子动力学模拟有一个本质区别：晶体的原子排列具有严格的周期性长程序。这……
2026-07-24 
分子对接动力学模拟 — 对接复合物的动态行为与结合自由能面分析

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分子对接动力学模拟的目标不是看”配体在不在口袋里”——那是RMSD分析就能回答的问题——而是理解”配体在口袋中……
2026-07-20 
分子动力学模拟对接 — 动力学构象采样与对接的结合策略

分子动力学模拟对接 — 动力学构象采样与对接的结合策略

分子动力学模拟对接和”对接后MD验证”是不同的思路——前者是从MD轨迹中提取多个受体构象来做对接（ensemble docking……
2026-07-20 
分子对接分子动力学模拟 — 从虚拟筛选到命中验证的完整流水线

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分子对接分子动力学模拟解决的是虚拟筛选（Virtual Screening）的最核心痛点：对接软件排出的top 100很可能有90%是假阳性——即……
2026-07-20 
分子动力学模拟分子对接 — 先对接后MD验证的构象筛选策略

分子动力学模拟分子对接 — 先对接后MD验证的构象筛选策略

分子动力学模拟分子对接解决了一个核心痛点：对接软件（AutoDock Vina、Glide、GOLD等）给出的”最佳构象”是按打分……
2026-07-20 
MS分子对接服务 — 从受体准备到结合模式预测的全流程实战

MS分子对接服务 — 从受体准备到结合模式预测的全流程实战

MS分子对接服务是药物设计和分子相互作用研究中的核心计算手段。分子对接通过预测小分子配体与生物大分子受体之间的结合模式和……
2026-07-15 
做分子对接：从靶点筛选到先导化合物优化的计算路径

做分子对接：从靶点筛选到先导化合物优化的计算路径

做分子对接是计算机辅助药物设计中最基础也是最关键的环节。这个项目围绕一种EGFR突变型非小细胞肺癌靶点展开，目标是从一个含……
2026-07-12 
分子对接外包：虚拟筛选流程标准化与交付质量控制

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分子对接外包在药企研发中是常见的提速手段，但虚拟筛选流程标准不统一、交付物质量参差不齐、计算结果可复现性差，如何建立标……
2026-07-09 
反向分子对接服务：从活性化合物到靶标蛋白的逆向筛选路径

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反向分子对接服务在靶标发现和药物重定位中价值显著，但靶标数据库覆盖范围有限、打分函数偏差导致假阳性率高、实验验证率不稳……
2026-07-09 
分子动力学对接：从刚性对接到柔性采样的结合模式分析

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分子动力学对接在药物发现中是关键手段，但刚性对接初始构型质量不均、柔性对接采样效率低、结合模式验证缺乏统一标准，如何系……
2026-07-09 
同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程
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