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首页 > 分子动力学模拟 > 分子对接 (第 6 页)
分子对接模拟：遗传算法、蒙特卡罗与构象采样的三种策略

分子对接模拟：遗传算法、蒙特卡罗与构象采样的三种策略

分子对接模拟的底层是一个高维非线性优化问题——在配体的平动+转动+扭转自由度构成的高维空间中寻找全局最优点（最低结合自由能……
2026-06-22 
分子对接结合能计算：Vina打分函数的内部构造与可靠性边界

分子对接结合能计算：Vina打分函数的内部构造与可靠性边界

分子对接结合能计算得到的那个数字（-7.2, -9.1, -8.4 kcal/mol）——它到底从哪来？Vina的打分函数是一个empirical的线性回归模……
2026-06-22 
分子对接预处理：蛋白、配体与对接盒的三个质量关卡

分子对接预处理：蛋白、配体与对接盒的三个质量关卡

分子对接预处理常被当成”点几下AutoDock Tools”的机械操作。但在一个真实的药物设计项目中，预处理阶段如果漏掉了……
2026-06-22 
分子对接的流程：靶点准备、配体处理与结果分析

分子对接的流程：靶点准备、配体处理与结果分析

分子对接的流程看起来是个线性的七步走——下载蛋白结构→去水加氢→定义活性位点→准备配体→设对接盒子→跑对接→看打分——但每一步都……
2026-06-22 
多对多分子对接：批量药物筛选的策略与陷阱

多对多分子对接：批量药物筛选的策略与陷阱

多对多分子对接不是把单靶点对接重复N次然后拼在一起。当一组化合物需要同时面对一组靶点蛋白时，流程设计的每个细节——从靶点……
2026-06-19 
分子相互作用预测：从静电势图到结合自由能的多层级筛选方法

分子相互作用预测：从静电势图到结合自由能的多层级筛选方法

分子相互作用预测的终极问题是：两个分子会不会结合、怎么结合、结合多强。这个问题在药物设计中对应”配体能否识别靶点&……
2026-06-18 
分子对接结合能：Vina Score到MM/PBSA的精度跃迁与能量拆解的本质差异

分子对接结合能：Vina Score到MM/PBSA的精度跃迁与能量拆解的本质差异

分子对接结合能——做完对接后输出的那个数字——你以为它是”结合能”，实际上它连结合能的物理单位（kcal/mol）对应的……
2026-06-18 
同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程

同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程

同源建模和分子对接的结合——先用序列相似性构建三维蛋白模型，再用分子对接预测配体结合模式——在结构生物学里是处理无晶体结构……
2026-06-18 
生物分子对接：蛋白-蛋白与蛋白-DNA对接的方法抉择与柔性处理

生物分子对接：蛋白-蛋白与蛋白-DNA对接的方法抉择与柔性处理

生物分子对接和小分子对接听起来是同一件事，但实际操作的技术路线截然不同。小分子对接搜索的是一个小体积口袋内的配体嵌入构……
2026-06-17 
分子对接怎么做：从蛋白准备到评分验证的完整链条与实操陷阱

分子对接怎么做：从蛋白准备到评分验证的完整链条与实操陷阱

分子对接怎么做这个问题，在药物设计圈子里几乎每个入门者都会搜。教程遍地都是，工具随手可用——AutoDock Vina免费开源，几行……
2026-06-17 
蛋白质分子动力学模拟：一个酶-底物复合物的结合稳定性分析

蛋白质分子动力学模拟：一个酶-底物复合物的结合稳定性分析

蛋白质结构的静态图片告诉你的只是”可能长什么样”，但真正决定功能的是动态过程——蛋白如何柔性运动、底物如何进入……
2026-06-16 
分子相互作用预测：非共价相互力的计算方法与适用边界

分子相互作用预测：非共价相互力的计算方法与适用边界

分子相互作用预测涉及的非共价力类型很多——氢键、疏水相互作用、静电相互作用、范德华力、阳离子-π相互作用、卤键——每一种力的……
2026-06-15 
蛋白药物小分子对接服务：从靶点选择到先导化合物优化的计算辅助流程

蛋白药物小分子对接服务：从靶点选择到先导化合物优化的计算辅助流程

蛋白药物小分子对接服务的价值定位很清晰：在实验合成和活性测试之前，用计算手段筛选数以万计的化合物，把候选范围缩小到百级……
2026-06-15 
分子对接结合能角度预测：如何准确预测配体的结合取向

分子对接结合能角度预测：如何准确预测配体的结合取向

分子对接结合能角度预测比单纯的结合能打分更难——打分只需要给出一个数字，角度预测需要确定配体在结合口袋中的空间取向。同一……
2026-06-15 
分子对接预测：从AutoDock到精准结合模式判断的实践之路

分子对接预测：从AutoDock到精准结合模式判断的实践之路

分子对接预测的核心目标很简单——在受体结合口袋里找到配体的最优结合构象，然后给出一个打分来评估结合强度。听起来像是一个&#……
2026-06-15 
点突变预测蛋白互作——从结构到能量的计算策略

点突变预测蛋白互作——从结构到能量的计算策略

点突变预测蛋白互作，问题形式很简单：一个蛋白-蛋白复合物，给定某个点突变（比如p53的R175H），这个突变对复合物结合亲和力……
2026-06-13 
分子动力学模拟在蛋白-配体对接中的应用——从静态对接到动态结合

分子动力学模拟在蛋白-配体对接中的应用——从静态对接到动态结合

分子动力学模拟对接——把MD模拟和对接结合起来——解决的是传统刚性对接的一个根本缺陷：蛋白在配体结合过程中会调整构象，这个&#……
2026-06-13 
分子对接预测在药物虚拟筛选中的精度控制与验证策略

分子对接预测在药物虚拟筛选中的精度控制与验证策略

分子对接预测在药物发现管线里的位置，通常是高通量虚拟筛选的第一步。一个典型的项目流程是：从百万级化合物库出发，用对接打……
2026-06-13 
分子对接动力学模拟：静态对接只看锁和钥匙，动力学模拟才看插进去之后会不会晃

分子对接动力学模拟：静态对接只看锁和钥匙，动力学模拟才看插进去之后会不会晃

对接软件给你一个打分，说这个分子对靶点的亲和力是-9.2 kcal/mol。打分漂亮、氢键数够、π-π堆积齐全——放到评审PPT里完全拿得……
2026-06-11 
分子对接和分子模拟：从AutoDock Vina到MD验证的完整工作流

分子对接和分子模拟：从AutoDock Vina到MD验证的完整工作流

分子对接和分子模拟：从AutoDock Vina到MD验证的完整工作流 分子对接和分子模拟，在药物设计工作流里是两个阶段——对接负责快速……
2026-06-01 
同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程
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同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程

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