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首页 > 分子动力学模拟 > 分子对接 (第 5 页)
晶体结构预测：从能量 landscapes 到空间群筛选的完整路径

晶体结构预测：从能量 landscapes 到空间群筛选的完整路径

晶体结构预测在材料设计和药物多晶型筛选中是核心环节，但构型搜索空间维度高、能量排序精度依赖方法选择、实验验证率不稳定，……
2026-07-09 
分子结构预测的计算路径：从力场选择到构象采样的实战困境

分子结构预测的计算路径：从力场选择到构象采样的实战困境

分子结构预测在这个抗新冠病毒药物设计项目里，从一开始就面临着一个尖锐的矛盾。手头的靶标蛋白是一个此前未被解析过结构的转……
2026-07-03 
分子对接模拟：从虚拟筛选到结合模式预测的实战边界

分子对接模拟：从虚拟筛选到结合模式预测的实战边界

分子对接模拟在药物发现管线中是最前置的计算筛网——当一个全新靶点结构刚被解析出来，还没有任何先导化合物时，分子对接模拟往……
2026-07-03 
PyMOL分子对接：可视化分析蛋白-配体相互作用的实战手册

PyMOL分子对接：可视化分析蛋白-配体相互作用的实战手册

PyMOL自问世以来便成为结构生物学社区可视化蛋白三维结构和分子间相互作用的标准工具，在分子对接结果的分析、验证和论文图表……
2026-07-02 
结合能分子对接：从打分函数到MM/GBSA重打分的精准亲和力评估

结合能分子对接：从打分函数到MM/GBSA重打分的精准亲和力评估

在基于结构的药物设计中，分子对接提供了极其经济的蛋白-配体结合模式预测和初步亲和力排序，但对接打分函数对结合能的估计精……
2026-07-02 
分子对接模拟：从蛋白-配体识别到结合自由能预测的计算方案

分子对接模拟：从蛋白-配体识别到结合自由能预测的计算方案

在药物研发和化学生物学研究中，分子对接模拟能够在实验筛选之前预先预测小分子配体与靶点蛋白的结合模式和亲和力，大幅降低湿……
2026-07-02 
VASP计算分子对接：电子结构辅助结合模式分析的联合计算策略

VASP计算分子对接：电子结构辅助结合模式分析的联合计算策略

在高校科研院所的药物-靶点相互作用研究实践中，VASP计算分子对接是一个相对较少被讨论但极具价值的技术方向。传统分子对接完……
2026-06-29 
分子对接计算代算：从PDB结构预处理到MM-GBSA结合自由能校正的全流程外包服务

分子对接计算代算：从PDB结构预处理到MM-GBSA结合自由能校正的全流程外包服务

近年来，随着计算机辅助药物设计（CADD）的快速发展，分子对接计算代算已经成为大量药学科研项目和硕博论文中不可或缺的技术环……
2026-06-29 
分子对接结合能角度预测：解锁蛋白-配体相互作用的定量密码

分子对接结合能角度预测：解锁蛋白-配体相互作用的定量密码

分子对接结合能角度预测正在重新定义我们对蛋白-配体相互作用的理解方式。当传统的对接打分函数只能给出一个笼统的”结合……
2026-06-28 
分子对接模拟服务：从靶点筛选到结合模式解析

分子对接模拟服务：从靶点筛选到结合模式解析

分子对接模拟服务正在成为药物研发和计算化学领域不可或缺的技术支撑。当科研团队面对成千上万的化合物库，需要快速识别潜在活……
2026-06-28 
药物分子结构预测：从序列到三维构象的计算路径

药物分子结构预测：从序列到三维构象的计算路径

药物分子结构预测的起点，往往不是一个完整的答案，而是一段氨基酸序列，或是一张手绘的配体骨架草图。计算化学家面对这样的起……
2026-06-28 
做分子对接多少钱？2026年科研服务价格构成与选型指南

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做分子对接多少钱，这个问题的答案从不单一。预算审批表上的那个数字，背后藏着一套远比表面复杂的成本逻辑。当课题组第一次向……
2026-06-28 
分子对接预处理：蛋白准备、配体优化与网格参数设置的完整流程

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分子对接的精度上限由预处理质量决定。本项目在准备HIV-1蛋白酶（PDB: 1HIV）的对接输入时，发现PDB文件中有127个缺失原子（主……
2026-06-26 
分子对接分析服务：AutoDock、Glide与GROMACS自由能计算的方法论与精度控制

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AutoDock预测Ki=0.1 nM，实验却是12 nM的偏差 分子对接是药物筛选和蛋白-配体相互作用研究的核心工具，但对接打分的”精……
2026-06-26 
多糖能做分子对接吗：糖类柔性对接的挑战与解决方案

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“多糖能做分子对接吗?”——这个问题项目组被问了三次，前两次的回答都是”不太适合”。直到第三次，客户……
2026-06-24 
分子动力学模拟对接：把静态对接结果放进动态溶剂里重新审视

分子动力学模拟对接：把静态对接结果放进动态溶剂里重新审视

一个激酶抑制剂的对接项目，AutoDock Vina给出的Top 5构象里排名最高的那个，放进显式溶剂跑分子动力学模拟对接，10 ns就解离……
2026-06-23 
药物分子对接服务：一个激酶项目的全流程复盘

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药物分子对接服务的价值不只是一个-9.2 kcal/mol的打分数字——它帮课题组在合成之前回答”这批2000个候选分子里，哪些值得……
2026-06-22 
小分子对接模拟：类药配体的虚拟筛选与富集分析

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小分子对接模拟的典型应用场景是虚拟筛选——从一个百万级的类药分子库中筛选出几百个候选分子做实验验证。这个管线的核心问题不……
2026-06-22 
分子对接怎么做：靶点分型、软件匹配与结果验证的实战框架

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分子对接怎么做——这个问题在开始任何软件操作之前，需要先回答两个更前置的问题：靶点是什么类型？配体的化学空间有多大？靶点……
2026-06-22 
蛋白互作分子对接：刚性FFT、柔性优化与界面水

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蛋白互作分子对接与传统的小分子-蛋白对接有一个本质区别——蛋白-蛋白界面通常有1200-2000 Ų的埋藏面积，涉及20-40个残基对，……
2026-06-22 
同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程
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