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首页 > 分子动力学模拟 > lammps计算 (第 3 页)
LAMMPS计算扩散系数：从Einstein关系式到多尺度扩散分析

LAMMPS计算扩散系数：从Einstein关系式到多尺度扩散分析

扩散系数是分子动力学模拟中最常计算的输运性质之一，它定量描述了粒子在体系中的迁移速率。在电池电解质、离子导体、聚合物链……
2026-06-30 
LAMMPS计算径向分布函数：从g(r)提取微观结构信息的完整方法

LAMMPS计算径向分布函数：从g(r)提取微观结构信息的完整方法

径向分布函数（Radial Distribution Function, g(r)）是分子动力学模拟中最基础也最重要的结构分析工具，它描述了以某个粒子为……
2026-06-30 
LAMMPS粗粒化建模：从全原子映射到介观模拟的力场构建方法

LAMMPS粗粒化建模：从全原子映射到介观模拟的力场构建方法

在分子动力学模拟中，全原子模型虽然精度高，但计算成本限制了可模拟的时间和空间尺度。粗粒化（Coarse-Grained, CG）建模通过……
2026-06-30 
拉伸动力学模拟：在力的作用下揭示生物大分子的机械性质

拉伸动力学模拟：在力的作用下揭示生物大分子的机械性质

拉伸动力学模拟的第一个实验场景，往往来自一个朴素的疑问：如果把一个蛋白质分子的两端慢慢拉开，它会怎样回应？这个问题的答……
2026-06-28 
LAMMPS计算层错能：晶界、孪晶与位错核心结构的能量分析

LAMMPS计算层错能：晶界、孪晶与位错核心结构的能量分析

层错能（Stacking Fault Energy, SFE）是预测金属塑性变形机制（位错滑移 vs 孪晶）的核心参数。本项目在计算Al的层错能时，初……
2026-06-26 
LAMMPS分子动力学模拟工作流：聚合物、合金与复合材料典型案例

LAMMPS分子动力学模拟工作流：聚合物、合金与复合材料典型案例

聚合物的分子动力学模拟是材料科学中最具挑战性的领域之一，因为链段运动的特征时间尺度跨越从皮秒到微秒。本项目在模拟聚乙烯……
2026-06-26 
LAMMPS计算声子谱：有限位移法、动力学矩阵与热力学性质提取

LAMMPS计算声子谱：有限位移法、动力学矩阵与热力学性质提取

2×2×2超胞的”幽灵模式” 声子谱是理解材料热力学稳定性、热导率和相变动力学的核心，但声子计算的精度极易被超胞尺……
2026-06-26 
LAMMPS计算入门：力场选择、系综设置与性能优化的实战经验

LAMMPS计算入门：力场选择、系综设置与性能优化的实战经验

LAMMPS是材料科学领域最广泛使用的分子动力学模拟工具，但”能跑”和”跑对”之间隔着无数参数陷阱。本项……
2026-06-26 
LAMMPS计算RDF：从轨迹到结构信息的完整分析链条

LAMMPS计算RDF：从轨迹到结构信息的完整分析链条

LAMMPS计算RDF是项目组用得最频繁的后处理分析——几乎每次MD模拟完成后第一件事就是画RDF。但用对了和用错了天差地别。项目组在……
2026-06-24 
LAMMPS计算吸附能：力场选择策略与DFT交叉验证方法

LAMMPS计算吸附能：力场选择策略与DFT交叉验证方法

LAMMPS计算吸附能时，项目组在CO2/ZSM-5沸石体系上踩过一个深坑：不同力场给出的吸附能差异可达10-15 kJ/mol——UFF力场和COMPAS……
2026-06-24 
LAMMPS计算自由能：固液界面TI-US双路径的λ策略与收敛判据

LAMMPS计算自由能：固液界面TI-US双路径的λ策略与收敛判据

一个Cu(111)-水界面的自由能计算项目，第一次用热力学积分（TI）跑完11个等间距λ窗口（0至1，步长0.1），积分出来的固液界面自……
2026-06-23 
蛋白定点突变预测在热稳定性改造中的计算策略：从RosettaΔΔG到AlphaFold2多突变扫描

蛋白定点突变预测在热稳定性改造中的计算策略：从RosettaΔΔG到AlphaFold2多突变扫描

植酸酶是饲料工业中用量最大的酶制剂之一。它在动物消化道中水解植酸，释放出磷元素，减少磷排放。但这个酶的魔咒是热稳定性：……
2026-06-19 
分子动力学模拟RMSD：从轨迹对齐到分段分析的蛋白构象稳定性判断方法

分子动力学模拟RMSD：从轨迹对齐到分段分析的蛋白构象稳定性判断方法

分子动力学模拟RMSD是每个做MD的人拿到轨迹后第一个跑的指标——Cα原子的均方根偏差告诉你蛋白是否稳定了、有没有大规模构象变化……
2026-06-18 
LAMMPS计算径向分布函数：参数设置与物理含义的深度剖析

LAMMPS计算径向分布函数：参数设置与物理含义的深度剖析

LAMMPS计算径向分布函数是分子动力学后处理中最基础也最常用的分析手段——无论是判断体系是否达到平衡态、识别晶体与液体的结构……
2026-06-17 
LAMMPS粗粒化建模：从全原子映射到CG力场参数拟合的实战路径

LAMMPS粗粒化建模：从全原子映射到CG力场参数拟合的实战路径

LAMMPS粗粒化建模的起点不是打开LAMMPS写input script，而是回答一个前置问题：把哪些原子打包成一个bead？这个映射决策决定了……
2026-06-17 
高分子动力学模拟：链长、温度和缠结——三个变量交织成Tg和扩散系数的十度偏差

高分子动力学模拟：链长、温度和缠结——三个变量交织成Tg和扩散系数的十度偏差

高分子的动力学是一个时间尺度的阶梯——键振动（飞秒级）→侧基旋转（皮秒级）→链段运动（纳秒级）→整链扩散（微秒到毫秒级）→解……
2026-06-11 
LAMMPS计算结合能：聚合物-纳米填料界面的结合能，从拔出模拟到PMF，力场精度决定你拉出来的是多少

LAMMPS计算结合能：聚合物-纳米填料界面的结合能，从拔出模拟到PMF，力场精度决定你拉出来的是多少

LAMMPS计算结合能——尤其是聚合物-纳米填料界面的结合能——定义上很清楚：把一个纳米填料从聚合物基体中拉出来所需的功除以界面……
2026-06-11 
LAMMPS粗粒化建模：把几万个原子缩减到几百个珠子，精度不是白送的

LAMMPS粗粒化建模：把几万个原子缩减到几百个珠子，精度不是白送的

粗粒化（CG）的本质是一笔交易——用化学细节换时空尺度。把苯乙烯单体的16个原子映射成2个CG珠子，体系的总粒子数从12万降到1.5……
2026-06-11 
材料拉伸模拟计算：从弹性段到颈缩失稳，有限元不是把曲线跑出来就算完

材料拉伸模拟计算：从弹性段到颈缩失稳，有限元不是把曲线跑出来就算完

一个做铝合金板材的团队把Abaqus拉伸模拟的应力-应变曲线发过来，说仿真出来的抗拉强度比实验高了将近12%，问问题出在哪。单看……
2026-06-11 
纳米流体在受限空间中的输运行为模拟——从体相到纳米通道，水的扩散系数怎么变了

纳米流体在受限空间中的输运行为模拟——从体相到纳米通道，水的扩散系数怎么变了

体相水在300K下的自扩散系数是2.30×10⁻⁹ m²/s（实验值，NMR脉冲梯度场测量）。把这个数字套用到2nm直径的碳纳米管（CNT）内的……
2026-06-09 
LAMMPS计算实战：从力场选择到大规模并行的经验总结
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