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分子动力学模拟
> lammps计算 (第 4 页)
核酸结构的分子动力学模拟：从双螺旋到配体结合的动态路径
做核酸分子动力学模拟的人，第一次建体系的时候大概率会被离子中和这一步卡住。DNA在溶液里浑身带负电，磷酸骨架每两个核苷酸……
2026-06-08
石墨烯力学性能的分子动力学模拟：周期性边界与自由边界对断裂行为的系统性影响
石墨烯的力学传奇从2008年Lee等人用纳米压痕实验测出约130GPa的断裂强度开始，分子动力学模拟界就陷入了一场持续至今的方法论……
2026-06-06
溶液环境中蛋白质构象变化的分子动力学模拟：显式溶剂与隐式溶剂模型在构象采样中的权衡
溶液环境中蛋白质的构象变化是理解酶催化、蛋白质折叠和药物结合的核心问题。分子动力学模拟在这个问题上面临一个根本性的计算……
2026-06-06
纳米压痕分子动力学模拟中势函数的选择：EAM与MEAM对位错形核与力学响应的差异化影响
纳米压痕模拟的原子尺度精度高度依赖于势函数对缺陷能量的描述能力。势函数选择在弹性变形阶段似乎无关紧要，但当位错形核成为……
2026-06-06
界面热阻的分子动力学计算：NEMD建模策略与Green-Kubo积分的数据处理对比
界面热阻的分子动力学计算是现代微纳热管理器件设计中的核心问题。Si/Ge界面作为典型的异质半导体界面，其热输运性质的准确预……
2026-06-06
高分子玻璃化转变温度的分子动力学模拟：比体积法、MSD法与能量法的对比选择
聚甲基丙烯酸甲酯（PMMA）在320K附近出现了一段令人不安的温度平台——升温曲线上那长达50K的比体积平坦区，让OPLS-AA、PCFF和CO……
2026-06-06
LAMMPS分子动力学模拟：从力场选择到结果解读的完整流程
LAMMPS分子动力学模拟在材料科学和生物物理领域的应用越来越广，但”跑通”和”跑对”之间的距离，往往比……
2026-06-05
LAMMPS计算扩散系数：MSD方法与Einstein关系的操作细节
LAMMPS做扩散系数看起来公式很简单——Einstein关系把均方位移（MSD）线性段的斜率除以6（三维体系）就直接得出扩散系数。但实际……
2026-06-04
MS做分子动力学模拟：Materials Studio的Forcite模块参数设置与结果分析
MS做分子动力学模拟：Materials Studio的Forcite模块参数设置与结果分析 MS做分子动力学模拟，门槛比GROMACS/LAMMPS低得多——点……
2026-06-01
动力学模拟计算：从Ab Initio MD到经典MD的方法选择与误差控制
动力学模拟计算：从Ab Initio MD到经典MD的方法选择与误差控制 动力学模拟计算的核心矛盾，在于你想要的化学精度和你能付得起……
2026-06-01
MD分子动力学计算模拟：从力场选择到平衡判据的完整工作流
MD分子动力学计算模拟：从力场选择到平衡判据的完整工作流 MD分子动力学计算模拟，入门门槛看着不高——网上教程一搜一大把，几……
2026-06-01
蛋白相互作用模拟：从对接到动力学，方法选择与实战边界
两个蛋白碰在一起，会结合吗?结合多久?界面残基是哪些?这些问题贯穿信号转导、免疫识别、药物靶点发现整个领域。实验手段——免……
2026-05-26
多肽的分子动力学模拟：力场选择、溶剂模型与构象采样的实战经验
多肽的分子动力学模拟处于蛋白质模拟和有机小分子模拟之间的一条窄路上。蛋白质模拟有成熟的全原子力场(AMBER ff19SB、CHARMM3……
2026-05-26
高分子材料分子动力学模拟：链段运动与玻璃化转变的模拟思路
高分子材料和金属、氧化物不同，它的”结构”不是周期性的原子排列，而是一条条可以自由旋转、纠缠、扩散的长链。这……
2026-05-19
LAMMPS计算热导率：两种方法的实操经验与对比
热导率是材料热管理性能的核心参数，结合自己做过的多个体系，聊聊LAMMPS计算热导率的两种主流方法——平衡MD与非平衡MD的实操经……
2026-05-15
LAMMPS计算吸附能：我的完整实操流程与关键参数
吸附能是衡量吸附剂与吸附质相互作用强度的核心指标，结合自己做过的多个表面吸附体系，聊聊LAMMPS计算吸附能的完整流程与常见……
2026-05-15
LAMMPS计算实战：从力场选择到大规模并行的经验总结
LAMMPS是材料体系分子动力学模拟的主流工具，特别适合金属材料、聚合物、纳米材料等大规模体系的模拟。结合多个材料模拟项目经……
2026-04-28
高通量分子对接：从万级化合物库筛选到先导化合物发现
高通量分子对接是虚拟筛选规模化最重要的工具，但把’跑得多’和’筛得准’画等号，是这个方向里最常见的……
2026-04-28
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LAMMPS计算实战：从力场选择到大规模并行的经验总结
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界面热阻的分子动力学计算：NEMD建模策略与Green-Kubo积分的数据处理对比
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LAMMPS计算热导率：两种方法的实操经验与对比
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