分子对接 | 虚拟筛选|蛋白配体相互作用分析

分子对接模拟

分子对接模拟是药物虚拟筛选的第一道闸门。我刚做项目时，把一个靶点跑了三十万化合物的对接，Top100里挑了十个做实验，结果一……

2026-08-04

分子对接与动力学模拟

分子对接与动力学模拟联用，是药物设计和蛋白-配体研究里我最常用的组合拳。但很多人以为对接完了就完事，我早年也这么干，直……

2026-08-04

界面分子动力学模拟

界面分子动力学模拟是块硬骨头。我第一次算水和石墨烯的固液界面，跑完发现水分子在界面排成了怪异的双层，润湿角算出来离谱，……

2026-08-04

聚合物分子动力学模拟

聚合物分子动力学模拟最怕算完了却不像聚合物。我刚入行时用通用力场随手建了条聚乙烯链，跑完发现链缠结全无、玻璃化转变温度……

2026-08-04

分子结构预测

我第一次做分子结构预测是给一个柔性八肽找全局最小构象，用系统搜索跑了上万个构象，挑了最低的那个去做 MD，结果 MD 一开始……

2026-08-03

分子对接大概多少钱

被问”分子对接大概多少钱”时，我最怕对方只丢一句”对接一个分子多少钱”。因为对接不是标准件——靶点要……

2026-07-31

yasara分子动力学模拟

我第一次用 yasara分子动力学模拟是因为客户那边只有 YASARA 的 license，且想要一个”开箱即用”的蛋白-配体稳定……

2026-07-31

分子对接自组装

做分子对接自组装的契机，是客户想设计一个环糊精包结一个药物分子的超分子系统。我一开始当成普通靶点对接，把药物塞进空……

2026-07-31

分子对接预测

我第一次做分子对接预测是把一个客户给的 200 个化合物批量 dock 到靶点，按打分排了个序交差。结果实验验证只命中 3 个，客……

2026-07-31

酶的分子对接：从活性口袋识别到催化机理验证的专项目路径

酶的分子对接是分子对接里最磨人的一类——普通蛋白只要找结合口袋，酶还得兼顾催化机理，活性中心往往柔性大、有水桥、有金属辅……

2026-07-30

候选药物分子筛选：从虚拟筛选到实验验证的递进式漏斗

候选药物分子筛选是药物发现的第一道关，但新手最容易把它做成”跑一遍对接、挑分数最高的十个”。真实项目里，对接……

2026-07-30

代做分子动力学模拟：从需求沟通到交付汇报的全流程经验

代做分子动力学模拟这几年需求暴涨，但十单里有六单卡在”需求没对齐”上——客户说”帮我模拟一下这个分子̶……

2026-07-30

蛋白与小分子互作：从分子对接到自由能验证的机理研究路径

蛋白与小分子互作是药物发现和酶调控研究的核心，但它的坑不在”算出个结合模式”，而在”算出的结合模式你敢……

2026-07-30

分子动力学结果分析：RMSD、氢键与自由能的拆解路径

分子动力学模拟跑完只是开始，真正决定一篇论文能不能站住脚的，是结果分析这一步。我用GROMACS做了十二年蛋白与小分子体系，……

2026-07-30

拉伸分子动力学模拟详解：从应力应变曲线到断裂机制的计算实战

2019年客户甩给我一个任务——预测某种高强度聚乙烯纤维的拉伸断裂强度，实验测出来是3.2 GPa，要我算出个差不多的数字就行。我……

2026-07-29

晶体分子动力学模拟：热稳定性、缺陷演化与相变行为的计算解析

做材料计算的人，多多少少都有点”完美晶体情结”——我们习惯从单胞出发，用DFT算总能、能带、态密度，然后觉得这就……

2026-07-29

水凝胶分子动力学模拟：从交联网络建模到溶胀行为预测

2019年接了一个挺特殊的项目——客户要优化一种温敏性PNIPAM水凝胶的溶胀比，实验组试了七八种交联剂配方，溶胀曲线就是不收敛。……

2026-07-29

粗粒化分子动力学模拟详解：从力场构建到生物大分子应用实战

入行头五年，我一直在用全原子分子动力学做蛋白-配体体系。那会儿觉得48核跑一周已经算”大规模”了，直到接手一个……

2026-07-29

药物分子动力学模拟：从靶点-配体结合到自由能计算的实战路径

我做药物分子动力学模拟十几年了，从早期的分子对接到现在的自由能微扰（FEP），这个领域的方法论迭代很快，但有些核心问题始……

2026-07-29

分子动力学模拟计算 — 从硬件配置到计算效率优化的全维度方案

一、背景：不是所有MD计算都一样分子动力学模拟的计算成本跨度极大——从100个原子的AIMD在集群上跑一周，到100万个原子的粗粒……

2026-07-24

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同源建模和分子对接：从模板选择到对接验证的GPCR靶标完整流程

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