LAMMPS计算|材料科学模拟计算|LAMMPS力场计算

lammps计算rdf

lammps计算rdf是分子动力学里最基础也最容易被误读的分析。我第一次算水的g(r)，在r=0附近冒出一个不该有的峰，以为发现了新结……

2026-08-04

径向分布函数模拟计算

我第一次做径向分布函数模拟计算是分析一段 10 ns 水的轨迹，bin 宽度设了 0.1 Å，画出来的 g_OO(r) 锯齿状乱抖，我还以为体……

2026-08-03

径向分布函数理论计算

我第一次做径向分布函数理论计算是写水模型的 method 部分，审稿人问”你的 g_OO(r) 第一峰对应几配位”，我脱口而……

2026-08-03

lammps计算自由能

我第一次做 lammps计算自由能是把 A 原子慢慢”变”成 B 原子算固溶形成自由能，用 TI 积分 ⟨∂U/∂λ⟩，但忘了 LAMMPS……

2026-08-03

拉伸动力学模拟

我做拉伸动力学模拟最初是客户想知道一个蛋白域被 AFM 针头拽开要多少力。我设了个 0.1 nm/ns 的拉速跑了一发，给出 200 pN……

2026-07-31

计算化学模拟：从量子化学到分子动力学的工具选择与方法边界

计算化学模拟最容易被新人问的问题是”用什么软件”，但真正该问的是”我要回答什么尺度的什么问题”。从……

2026-07-30

分子动力学模拟势函数 — 从Lennard-Jones到机器学习势的选型艺术

一、背景：势函数选错，一切归零势函数是分子动力学模拟的灵魂。经典MD不求解薛定谔方程，而是用经验势函数（Empirical Poten……

2026-07-24

LAMMPS计算表面张力 — 压力张量法与测试面积法的工程实践

表面张力看起来是个简单的物理量——单位面积上的自由能——但用分子动力学模拟精确计算它，远比你想象的复杂。一个典型的场景：你……

2026-07-21

LAMMPS分子动力学模拟 — 从in文件编写到后处理的全链路工程复盘

如果你在课题组刚接手LAMMPS分子动力学模拟的工作，大概率会先面对一叠师兄留下的in文件——几百行命令，变量嵌套变量，注释全是……

2026-07-21

LAMMPS计算服务 — 从in文件定制到并行效率优化的全流程外包方案

LAMMPS计算服务和其他MD代算有一个本质区别：LAMMPS没有图形界面，所有操作都通过in脚本来控制。这意味着LAMMPS计算服务的质量……

2026-07-21

分子动力学模拟拉伸 — 单轴拉伸应力-应变曲线的原子级获取

分子动力学模拟拉伸的结果和宏观拉伸实验看起来相似——都是一条先升后降的应力-应变曲线——但产生这条曲线背后的物理完全不同。……

2026-07-20

分子动力学模拟粗粒化 — 从全原子到MARTINI的映射策略与精度验证

分子动力学模拟粗粒化在生物模拟领域讨论得比较多（膜蛋白、病毒衣壳），但在材料科学和软物质——聚合物共混物的相分离、胶束的……

2026-07-20

分子结构预测 — AlphaFold3与MD联用的蛋白质动态构象系综采样

AlphaFold3给了你一个答案，但你确定它是对的答案吗 2024年AlphaFold3的发布让分子结构预测进入了一个新纪元——蛋白质-配体、蛋……

2026-07-17

平衡分子动力学模拟 — NVT与NPT系综选择的十个常见误区

一个”很简单”的膜蛋白体系为什么跑了三个月还没平衡至今回忆起来仍觉得那个项目是最让人挫败的——一个GPCR膜蛋白……

2026-07-17

均方根模拟计算 — RMSD/RMSF在分子动力学轨迹分析中的应用

均方根模拟计算——或者更精确地说，RMSD（均方根偏差）和RMSF（均方根涨落）——是分子动力学轨迹分析中最基础、但也最容易被误读……

2026-07-16

粗粒化模拟 — 从全原子到MARTINI力场的尺度跃迁实战

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2026-07-16

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LAMMPS粗粒化建模是将复杂全原子体系简化为粗粒化模型的过程。与直接使用MARTINI等现成力场不同，LAMMPS粗粒化建模通常需要针……

2026-07-15

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LAMMPS计算自由能与GROMACS有所不同——LAMMPS更侧重于材料科学体系（金属、陶瓷、高分子），而非生物分子。LAMMPS计算自由能的……

2026-07-15

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LAMMPS扩散系数计算是分子动力学后处理分析中最常见的操作之一。扩散系数表征了粒子在体系中的迁移能力，对液体输运、离子传导……

2026-07-15

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LAMMPS计算径向分布函数是分子动力学分析中最基础也最常用的操作之一。径向分布函数g(r)描述了以某个原子为中心、距离r处找到……

2026-07-15

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LAMMPS计算实战：从力场选择到大规模并行的经验总结

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