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范德华力模拟计算

范德华力模拟计算

我第一次做 范德华力模拟计算是算一个有机液体的密度，cutoff 只设了 10 Å 又没开长程色散校正，算出来密度比实验低 4%，导师……
2026-08-03 
自由能模拟计算

自由能模拟计算

我第一次做 自由能模拟计算是给一个酶做单点突变的 ΔΔG 预测，只设了 6 个 λ 窗口，算出来的数值误差棒比效应还大，根本没法下……
2026-08-03 
钙钛矿分子动力学模拟：力场参数化与相变分析的实战经验

钙钛矿分子动力学模拟：力场参数化与相变分析的实战经验

钙钛矿材料（ABO₃型）的相变行为是凝聚态物理里的经典问题。BaTiO₃从立方相到四方相的铁电相变发生在393K，SrTiO₃的反铁畸变相……
2026-07-29 
vasp计算分子动力学模拟：从头算分子动力学方法与实战

vasp计算分子动力学模拟：从头算分子动力学方法与实战

一、背景与需求 vasp计算分子动力学模拟是连接电子结构与动态行为的关键桥梁。传统的DFT静态计算给出的是0K下的基态结构，但材……
2026-07-28 
生物分子动力学模拟：蛋白质/核酸/膜体系模拟方法

生物分子动力学模拟：蛋白质/核酸/膜体系模拟方法

一、背景与需求 生物分子动力学模拟是理解生物大分子功能机制的核心计算手段。蛋白质的构象变化、核酸的弯曲与解链、膜蛋白在……
2026-07-28 
酶分子动力学模拟：催化残基运动与底物结合分析

酶分子动力学模拟：催化残基运动与底物结合分析

一、背景与需求 酶分子动力学模拟是理解酶催化机理的核心计算工具。酶催化的高效性和选择性来源于活性位点的精确定间排列和动……
2026-07-28 
AIMD分子动力学模拟：第一性原理MD计算方法与应用

AIMD分子动力学模拟：第一性原理MD计算方法与应用

一、背景与需求 aimd分子动力学模拟这个话题，从第一次跑通一个64原子的Si-O体系开始，到现在已经折腾了十余年。最早是被一个……
2026-07-28 
平衡分子动力学模拟：NVT/NPT系综平衡策略与判据

平衡分子动力学模拟：NVT/NPT系综平衡策略与判据

一、背景与需求 平衡分子动力学模拟是整个MD流程中最容易被忽视的环节。很多人急着进入生产MD，跳过平衡或平衡时间不够，导致……
2026-07-28 
AMBER分子动力学模拟：生物分子力场与tleap建模详解

AMBER分子动力学模拟：生物分子力场与tleap建模详解

一、背景与需求 amber分子动力学模拟在生物分子计算领域占据独特地位。AMBER的全称是Assisted Model Building with Energy Ref……
2026-07-28 
薛定谔分子动力学模拟 — Schrödinger软件中Desmond模块的实战深度复盘

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一、背景：Schrödinger凭什么成为工业界标准 Schrödinger（薛定谔）软件平台在全球制药企业的计算化学部门中占据了绝对主导地……
2026-07-24 
多肽分子动力学模拟 — 从短肽构象采样到蛋白-多肽识别的全流程

多肽分子动力学模拟 — 从短肽构象采样到蛋白-多肽识别的全流程

一、背景：多肽MD的特殊挑战 多肽是介于有机小分子和蛋白之间的”中间态”分子。它的分子动力学模拟既不像小分子那……
2026-07-24 
MS分子动力学模拟 — 从建模到分析的全链路技术复盘

MS分子动力学模拟 — 从建模到分析的全链路技术复盘

一、背景：MS分子动力学模拟的能力边界 在材料计算领域，MS分子动力学模拟占据了一个独特的位置：比LAMMPS更易上手，比GROMACS……
2026-07-24 
MS计算分子动力学 — Materials Studio中分子动力学计算全流程复盘

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一、背景：为什么选择MS做分子动力学计算 Materials Studio（以下简称MS）是国内材料科学领域装机量最高的商业软件之一。它的……
2026-07-24 
分子动力学扩散模拟：从MSD计算到输运系数提取的完整路径

分子动力学扩散模拟：从MSD计算到输运系数提取的完整路径

扩散是材料、溶液和生物膜中最基本的输运过程之一。分子动力学（MD）扩散模拟通过追踪粒子的运动轨迹，可以直接计算扩散系数——……
2026-07-22 
分子动力学模拟计算：方法选择、参数配置与轨迹分析的实战框架

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分子动力学模拟计算（MD Simulation）通过数值求解牛顿运动方程，追踪体系中每个原子在时间维度上的运动轨迹，从而获得体系的……
2026-07-22 
分子对接动力学模拟：从构象搜索到结合稳定性验证的双阶段方法论

分子对接动力学模拟：从构象搜索到结合稳定性验证的双阶段方法论

分子对接（Molecular Docking）和分子动力学模拟（MD Simulation）是药物设计和生物分子研究的两大核心计算工具。单独使用分子……
2026-07-22 
VASP计算分子动力学模拟 — 催化反应机理的AIMD实战复盘

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VASP的分子动力学模拟能力（AIMD）虽然比经典MD慢1000倍以上，但在催化机理研究中有两个无可替代的价值：第一，化学反应涉及键……
2026-07-21 
VASP计算分子对接 — DFT级对接精度的实现路径与技术挑战

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分子对接的主流方法是Autodock Vina、Glide这类基于力场和半经验打分函数的工具——快是真快，百万级化合物库几天跑完。但如果你……
2026-07-21 
扩散系数计算 — 分子动力学中Einstein关系与Green-Kubo方法的实战对比

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扩散系数计算在MD中看起来简单——算个MSD，拟合斜率，除以6——但真正做过的人都知道魔鬼在细节里。MSD线性区的选择、时间原点平……
2026-07-21 
纳米材料MD模拟 — 从纳米颗粒熔点降低到纳米线拉伸力学响应的分子动力学证据

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纳米材料MD模拟是计算材料科学中增长最快的方向之一。我第一次认真做纳米颗粒的MD，是因为组里做纳米金催化实验的同事跑来问我……
2026-07-21 
VASP计算全流程：从结构优化到电子结构分析的经验总结
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